1999年，某个东(dōng )西被卡车运(yùn )出了(le )馆山(shān )市。几天后，哥斯拉(lā )登陆了馆山，特生自卫队出(🍖)动与(yǔ )(🏴)之展开(🥩)了苦战。在(🌫)战斗(⏬)中，自(zì )卫(🌗)队员家(jiā )城茜（(🖲)釈(⚫)由美子 饰）(🤷)意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了(🙁)下来，并被派(🥀)去(qù )了资料科(🤷)。　　另(🚢)一方(fāng )面，日(🔩)本政(zhèng )府(fǔ )在柘植真智(zhì )子首相（水(shuǐ )野久美 饰(🥔)）的(de )指挥(huī )下，召(zhào )集了汤原(yuán )德光（宅(zhái )麻伸 饰(shì )）(🎾)等科学家开(kāi )始研(👃)究对付(fù )哥(gē )斯拉的G兵器。他们以在(🕐)馆山(🧟)冲(🚴)挖掘出(chū )来(🕯)的(de )初(chū )代哥(🤘)斯(sī )拉骨骼(💹)为基础，用了四年(🚗)制成了(😊)机械哥斯拉——3式机龙(🃏)。柘植(zhí )首相(xiàng )辞(📟)职，由科(kē )学(xué )技术厅(🎥)长官(guān )五十岚隼人（中尾彬 饰）就(jiù )任新(xīn )(♌)首相。同时(shí )，茜被(bèi )(🚲)派(pài )去了(🌂)机龙队(👄)，担(dān )任机龙(lóng )的操(🚡)作(🌸)员。　　就(jiù )在准(🔲)备机龙测试机(jī )动时，哥斯拉(🛃)又在(zài )东京湾(wān )出(❓)现(📬)了。机(💑)龙赶赴现场(chǎng )(🍹)与哥斯(❄)拉对战，却因哥斯拉的吼(hǒu )声唤醒了体(🐌)内(nèi )的(de )野兽(👼)灵(😲)魂，突然暴(bào )走，在城市中(🕵)造成了大破(pò )坏。　　为了改良机(🎁)龙，汤原(🍝)改变了机(jī )龙(👔)DNA计(jì )算(suàn )机的碱(🍏)构(😻)造，使机龙不(bú )会再(😂)受(shòu )哥斯拉叫(🕤)声的干扰。但(dàn )(🌽)由于(🏒)对再次(🌶)暴走的担忧(🏉)，五十岚(lán )迟迟(chí )不允许(🚹)出动机龙。　(🔡)　哥斯拉再度出现在东京湾，一路无(wú )视(shì )特生自卫队(duì )的攻(🙇)击来(🆕)到(dào )了品川，令城市变成了一片火(😎)海。面对(❣)如(rú )此情景，五十岚(lán )终于同意让机龙出(chū )动。　　为(📻)了(le )(🏈)打(dǎ )败哥(gē )斯拉，机(jī )龙被(☔)送(📧)到了品(🚄)川。茜也抱着必死的觉(📦)悟。机龙和茜的(🗄)战(🌻)斗(dòu )就这样开始(shǐ )了。