21世纪初，人类将多数人(📼)留在被哥(gē )斯拉蹂躏的地球上，仅使被(🤴)选中的人们乘上恒星间移民(🔬)船·阿拉特拉姆，前(qián )往能够移居的“约(♑)定之地(🚤)·(🖲)τ星e”。但这(zhè )一(🗄)计(jì )划(huá )失败(🕯)，人类(💆)只得再度返回(🏐)地(🚥)球。而长距离(lí )(🎫)亚空间航行(✖)所(suǒ )引发的(de )时空歪曲，导致(🐖)人类(lèi )回(huí )到的(🚢)地方变成了“两万(📯)年后的地(dì )球(🖲)”。在(zài )这个地(🎛)球，主人公·晴(qíng )男(📙)等(děng )(🔝)人(✋)在遭受哥斯拉袭击的同(tóng )时(shí )(🙉)，与埃克西(xī )弗、比尔(🤷)沙(👃)尔(🧤)德(🔔)两(liǎng )种族(🕙)的异星人共同实(shí )行谋(móu )划了(🐀)20年(nián )的“对哥(🌮)斯拉战术(🈁)”，通过殊死战(🍑)斗(dòu )成功击倒了哥斯(🈸)拉(➡)。　　但喜(🐨)悦(yuè )并未持续多(duō )久，深藏地下的真正哥斯拉(lā )(🎥)“哥斯拉(lā )·地(😙)球”现身了。两万(wàn )年间持续成长生存、身高300米、质量(🐖)超(chāo )过(🖍)10万吨(dūn )，在进化(🏓)成这种姿(zī )态的超巨大(dà )哥斯拉压倒性的(🛃)破坏力面前，晴男等人落(luò )花流水(🚩)。　　(🏸)拯(❄)救(💁)了(🈺)晴男(🧥)的是被视为人(rén )类的残(cán )存(cún )者“弗(fú )图亚”之民，米亚娜(💨)。弗图亚(🛌)是(shì )他(🕵)们(men )在这个地球首(shǒu )次(🏗)遇到(dào )的人型生命种族(zú )。他们(men )会是人(rén )类的子(🈺)孙吗——。“弗图(⏭)亚(🍗)的神也被哥斯拉击破，如今只剩下卵(luǎn )。挑战者、抗争(🔂)者，全部被(📳)火(huǒ )焰吞噬而消(xiāo )失了”面(miàn )对这样的他们，晴男(nán )回(🥈)应(yīng )(🦀)道“这是以人类的(de )双手夺回(huí )地球的最后机(jī )(🆕)会(😫)了”。　　另(💦)一方(😇)面，比尔沙尔德的指挥官·加(jiā )(🤬)尔(ěr )格(👉)，注意到(dào )弗图亚使(🖨)用的(de )箭头是由(yóu )“自律思考金(jīn )属体·纳米金(jīn )属(shǔ )”所制造而欢(🏥)喜(xǐ )。这和21世(shì )纪他(tā )们(🛺)在富士山(🌻)麓(🀄)作(🎅)为(🚰)“对(duì )哥(🐁)斯拉决战兵器”所开(🌥)发、在启(💱)动前遭到破坏的“机械(🐋)哥斯(sī )拉(😎)”由(yóu )同种物质(🧚)所(suǒ )构(gòu )成。这正是当(dāng )时的开(kāi )(🐺)发(fā )设备至今仍然残存的(de )证(zhèng )明——。