拥有一头青色头发(fā )的男主角名字将叫作深(🌰)井 青(フカイ·アオ，这名字在日语中带有“深青”的意义）(😧)，是一(yī )名(míng )13岁少(shǎo )(❣)年。青的父(😎)亲兰顿·萨斯顿(Renton Thurston、(🚥)レントン·サースト(😚)ン(🍮))行踪(zōng )不明，而母亲(🕕)优(🤯)莱卡(Eureka、エ(🚣)ウ(🔩)レカ)也在10年前被(bèi )美(💱)军(jun1 )带走了。由(yóu )于(🥔)继(💻)承了母(📙)亲的(de )特殊基因，使得他(tā )能(néng )够(gòu )看见人眼(🎾)所不能看(kàn )到的东西，如粒径为20nm大小的光粒(lì )子(🐀)，红外线、紫(zǐ )外(wài )线等等（但(dàn )在外太(tài )空这一特殊生理受(shòu )到限制）。小时与诊疗(liáo )(👪)所里的老医(💅)生深井 敏夫一(yī )同生(🏒)活，现正在(🈺)Generation Blue（蓝色(sè )世代(dài )）中。　　女主角的(👄)名字将是阿(ā )拉(lā )塔·娜露(⏳)，同样(🎐)是(🍁)13岁(🕕)，是与(yǔ )青(📤)一(🚻)同成长(zhǎng )的青梅竹马。娜(🤼)露因为(✖)童年时(🎴)的事故而使拥(🏸)有”ユタ”的(🔮)力(lì )量(犹(yóu )达(dá )，是日本冲绳以占卜(💛)为职(zhí )业(🐅)的灵(🏡)媒(méi )(✒)师的(de )名(🙅)称)的眼睛醒(🚓)觉。娜(♊)露(lù )有能(🏗)够听(🗒)懂(dǒng )珊(shān )瑚(🌒)岩心声(shēng )的(🏖)特异功(gōng )能，这是因为(wéi )(🈺)珊瑚岩的一部分在她体内成(🐑)长，从某种(zhǒng )程度上(⛱)来说(🖥)她和珊瑚岩存在(zài )部分融(róng )合，但正是因为这(🧔)样(🌮)，导致(zhì )她自(🔚)小(xiǎo )身(shēn )(⏩)体虚弱，需要把氧气放入在手上的吸(xī )(⛄)氧(📒)器(qì )，现与(yǔ )父亲(💍)、妹妹及祖(🆕)母(😫)一同生(🛒)活中。　　本作的舞台也设(shè )定(dìng )在冲绳(shéng )的磐户(hù )岛上，当(dāng )时的(de )磐户岛正(zhèng )进(🐔)行(🔦)著自治(zhì )(🐊)权回复运动(🍩)，但在某一天，在岛(dǎo )上出现(🐎)的(de )珊(shān )瑚岩受到了宿敌白细胞G-Monster的(de )攻击，而为了保护(🤺)磐户(hù )岛，男主(🌛)角青与人(😓)型(xíng )IFO（(🐋)Intelligent Flying Object）相遇，并与G-Monster战(✝)斗的故事就此展开。