继续(xù )延续上一(✒)季的(de )剧情(📒)，原来穆德受(🃏)了骗，及时(🛍)发觉错误(🤴)后和(🎺)史考莉串通(tōng )(🥈)好来骗政(🍖)府高层(céng )(🗼)，以潜入一个(📿)“作为(wéi )一(yī )个普通(🌗)FBI特别探员不该进入(rù )的(de )(🎩)地方”搜集需要(yào )的资料。本季(🛹)发展越(yuè )来(lái )越精彩，一(🎫)些没(méi )有被完全改(gǎi )造(🚸)的(de )混血外星人联(lián )合起来(🔊)抵抗殖(🚢)民阴(📎)谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但(🌑)今年(nián )却(què )出(🥎)现了她的(🙂)孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚(shèn )至找了两位知名(míng )(🥫)科幻小说家操笔，客(😍)串写出(chū )两集(🤳)剧本。另外今年也有(⚾)一(🕯)集(jí )喜剧。整出X档案(àn )为(🏉)了配合电影的(de )上(shàng )映，加入(rù )了一(yī )些角色及内(🥋)容，“辛迪(🌼)加”组织的(💯)阴谋越来越明(míng )显(🐡)，穆(🤔)德(dé )再一(😙)次接(⏲)近事实(👌)的真相。穆德(dé )前女友的(de )出现(🔞)也对穆(📐)德与史考莉间(jiān )的关(🖍)系做出重大(dà )考验(yàn )。该季结束于吸(xī )烟人烧毁了所有(🔪)X档案卷宗(zōng )。