继续延续上(shàng )(⛲)一(✒)季的剧(jù )情，原来(lái )穆德受了(le )(🕋)骗(piàn )，及时(🛍)发觉(🕰)错误后和史考莉串通好(hǎo )来骗(piàn )政府高(🏴)层(🗼)，以(🥩)潜(qián )入(rù )一个“作为一个(🎏)普通FBI特别探(tàn )员(yuán )不(bú )(🐿)该进入的地方”搜(🎡)集需要的(🙍)资料。本季发展(zhǎn )越来(🐖)越精彩，一(🎫)些没有(😚)被完(✖)全改造(🚸)的混血外星人联(lián )合起来抵(💞)抗殖民阴谋。史考莉(🌚)被绑架时(shí )子(😞)宫(🖲)被移除，但今年却出(🥎)现了(le )她(🗞)的孩子——艾蜜莉。今年制作小组(🙉)甚(💪)至(zhì )找(zhǎo )了两位(wèi )知名(🥫)科幻(huàn )小(xiǎo )说家(🚻)操(cāo )笔(bǐ )，客串写出两(liǎng )集(jí )剧本。另(🐀)外今(jīn )年也(yě )有一集喜剧。整出(❕)X档案为了配(pèi )合电(🛎)影(💍)的上映(yìng )，加入(rù )了(🏻)一些角色及内容，“辛迪加(jiā )”组织的阴谋越来越明显，穆(🤔)德(📧)再一次接近(📛)事(shì )实的真相。穆(mù )德前(qián )女友(yǒu )的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重(chóng )大考验。该季结束于(👛)吸烟(😳)人烧毁了(le )所有(🔪)X档(👚)案卷宗(zōng )。