继(jì )续延续上一(✒)季的剧情(📒)，原来(lái )(🍩)穆德受(shòu )了骗(😘)，及(jí )时发觉错误后和史(🔧)考莉(🎹)串通(tōng )(🥈)好来骗政府高层，以潜(💤)入一(yī )(🎾)个“作为(⏬)一(🎲)个普通FBI特(😎)别探员不该进(🔸)入的地方”搜集需要的(de )资料。本季(jì )发展越来(lái )越精彩，一些没(méi )有(yǒu )被完全改造(🚸)的混血(xuè )(🐶)外星人联(lián )(😱)合起来抵抗殖民阴谋。史考莉(lì )(🌚)被绑架时子宫被移除(💱)，但今(jīn )年却出现了她的(de )(🙂)孩子——艾(🏂)蜜(🙌)莉。今(🌞)年制(zhì )(㊙)作(zuò )小组甚至找(zhǎo )了(⏰)两(🈴)位知名科幻(👃)小说家(jiā )操笔，客(kè )串写出两集剧本。另(lìng )外今(🚴)年也有(yǒu )一集喜剧(jù )。整出X档案为了(le )配(pèi )合电(diàn )(🛎)影(yǐng )的(de )上映，加入(➡)了一些角色及内(🥋)容(róng )(🤷)，“辛(💅)迪加(jiā )”组织(zhī )的阴谋越(yuè )来越(yuè )明显，穆德再一次(cì )接近事(shì )实的(💏)真(zhēn )相。穆(👵)德(dé )前女友(🐞)的出现也对穆德与史(🔙)考(🌱)莉间的(de )关系(🔫)做出重大考(📞)验。该季结束于吸(xī )烟人烧毁了所有X档案卷(juàn )宗。