自西元20XX年，人(rén )类从肯亚图尔(ěr )卡(🔼)纳湖的湖(hú )畔挖出了(🔱)一个名叫索(🎺)哈尔(Zohar)的(de )物体(🗼)之(🐮)后，便开始对(🌫)它进行研究，后(🏇)来有人重建出(chū )(⚫)来(lái )所谓的“神(shén )之(🗄)语言”，并建(🙍)立(💆)电脑程(🥄)式(shì )以启(🏐)动(🚥)原(yuán )始索(🛺)哈尔(ěr )，进行(🗑)和上位领域的(de )(🚸)U-DO(上位领域当中的(de )红色波动存(🚣)在)连结的连结实验(yàn )，但很(💱)不(bú )幸(xìng )地(dì )，从上(shàng )位领域流入(rù )下位领(🐑)域的(🙌)能量造成了事象变移，使(shǐ )地球(qiú )(游(⛏)戏中(zhōng )所谓的“失(🤲)落耶路(lù )撒冷”)几乎完从从宇(yǔ )宙(🚴)中“消失”，人类(lèi )因而(ér )被迫(pò )逃亡，离开(kāi )地(🛎)球。　　到了(🈸)四(➡)千年多后(hòu )，在故(gù )事开始前十五的T.C.4753年，米(🈺)尔奇亚行星(🤥)(Miltia)爆发(fā )了(💸)所谓的米(mǐ )尔(ěr )奇亚冲突事件，在此(cǐ )次事件当(💣)中，米尔奇亚行星(xīng )的人类(lèi )疑似遭到了(le )格(🚻)诺西斯(Gnosis)的(de )攻击(🕺)，并在冲突(🚩)事件后消失(💁)，但(⏺)事件的(de )真(🈳)相却(què )因(yīn )为米(🌲)尔奇(qí )(🈂)亚的(🐌)消失而不为人知(zhī )。在(zài )事(💨)件(🈸)后，启(🛌)动原始索(🚓)哈尔（后(hòu )来人类制造出了十(shí )二具索哈(🍝)尔模拟体，因此原有的(de )索哈尔就被称(chēng )之为原(🤠)始(🐑)索哈(hā )尔）所需的神之语(🖥)言、原始索哈尔的(de )研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座(zuò )(🏓)标(biāo )(⏩)等事物，都被封存(🏺)在Y资料当中(💘)，而Y资料又被(bèi )(🍆)封存在(🌄)百式观(guān )测用合成人(rén )(Relian)M.O.M.O.的(🔘)意识内(nèi )，然而这么做却引起了各方势(shì )力(lì )对M.O.M.O.的争夺，因此星(🤩)团(🐎)联邦(bāng )政府(游戏(xì )中(📦)统治各行星的政府，英文名(💻)Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(rén )(Cyborg)，以(🕳)保(💃)护M.O.M.O.的(📑)安(ān )全。　　另一方面(miàn )，在(zài )(☕)米(mǐ )尔奇亚冲(💦)突事(🍀)件结(jié )(🚌)束后的十(shí )几年，也就是大约(🤥)在游戏(🐺)EPI开(👮)始的时候(hòu )，当时最大(dà )的企业贝克(kè )达(dá )公司以对抗格诺西斯侵扰的(de )名(míng )义，进行对格诺西斯用战斗兵(🏐)器(🐆)KOS-MOS的(de )(🧤)开发计划，但(dàn )和当(dāng )时(shí )多(🤜)使用合成(🙂)人(Relian)与生(🐂)化(😾)人(Cyborg)的情况所(🛹)不同的(⚾)是，KOS-MOS是(shì )个(gè )纯(🔪)粹的机械制品(🚲)。另一方面，在EPI开(kāi )(😛)始时，参与KOS-MOS开发计划(🚱)的贝(👪)克(🙊)达公(🏽)司第一开发(🙃)局研究人(😯)员卯月紫苑，正(zhèng )乘着当时载(zǎi )有还没(méi )正(🚲)式(⬇)启动(🚒)的KOS-MOS的Woglinde号太空(🧛)船进行旅途。但没想到(dào )其太空船(chuán )却被冲(chōng )著(zhe )(📈)索(suǒ )哈尔(😙)而来的格诺西斯所(suǒ )攻(gōng )击，而KOS-MOS也在此(cǐ )时突(tū )然启动(dòng )，卯月紫苑因(yīn )而(ér )被卷(juàn )入一连串和格诺西斯(sī )及索(💳)哈尔有关的阴(🎿)谋(móu )，以及会(huì )改变人(✖)类(lèi )命(🍮)运的事件(jiàn )当(🕥)中……(🥇)