自(🈯)西元20XX年(nián )，人类从肯亚(yà )图(🐌)尔卡纳湖的湖畔(🕟)挖(wā )出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便(😧)开始对它进行研究(❣)，后来(lái )有人重建出(chū )来所谓的(👑)“神(🤷)之语(yǔ )言(yán )”，并建立电脑程式(shì )以(🚉)启动(🚥)原始(shǐ )索哈尔，进行(🗑)和(hé )上位领(🙁)域的U-DO(上位领(lǐng )域当中的红色波动(🧚)存在)连(🌚)结的连(🛑)结实(😞)验，但很不幸地，从上(shàng )位领域(yù )流入下(xià )位领(🐑)域的(🙌)能(néng )量(liàng )造成了(le )事象变(biàn )移，使地球(🈴)(游戏中所(suǒ )谓的(🔔)“失(🤲)落(luò )耶(⛳)路撒冷(👺)”)几乎完从从宇宙(🚴)中“消失”，人类因而被(bèi )迫(pò )逃(💔)亡(wáng )，离开地球。　　(🦇)到了四(➡)千年多(duō )后(hòu )(⛏)，在(zài )故事开(kāi )(🃏)始(shǐ )前(💅)十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆(bào )发了所谓的米(🏃)尔奇亚(yà )冲突事件，在(👄)此次事件当中，米尔奇亚行(háng )(🚽)星(xīng )的人(🔲)类疑似(sì )遭(zāo )到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并(bìng )在冲突事(shì )(🍹)件后(hòu )消失，但事(shì )件的真(🈳)相却(🔬)因为米(mǐ )尔奇亚(yà )的(🐌)消失(🖱)而不(👼)为(wéi )人(rén )知。在事件后，启动原(yuán )(🕵)始(🎞)索(suǒ )哈尔（后来(lái )人(rén )类制(🗒)造出了十(🎁)二(🎆)具索哈尔(ěr )模(mó )拟体，因(yīn )此原有(yǒu )的索哈尔(ěr )就被称之(zhī )为原始(🐑)索哈尔）(👡)所需的(🕤)神之语言、原始(shǐ )(👅)索哈尔的(🌶)研究成果、米尔奇亚(🚔)的U.M.N.座(zuò )(🏓)标等事(shì )(🔡)物，都(📛)被封(😛)存在(zài )Y资料当(🤙)中(zhōng )，而Y资(🤫)料(😕)又被封存在(zài )百式(🙇)观(😯)测用(😫)合成人(Relian)M.O.M.O.的意识(shí )内(👉)，然而(🚞)这(🈲)么(😳)做(zuò )却(🎆)引起(🛍)了各方势(🚬)力对M.O.M.O.的争夺，因(yīn )此(🚄)星团联邦政府(游戏(🙎)中统(😋)治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇(gù )了(le )一个名(míng )叫(jiào )(🏰)Ziggurat 8的(🌵)生化人(Cyborg)，以保(bǎo )护M.O.M.O.的安全。　　另一方面，在(☕)米尔奇(qí )亚冲突(tū )事件结束(shù )后的(😄)十几(jǐ )年，也(🏄)就是大(🎄)约在游戏EPI开始的时(🥐)候，当(dāng )时最大(📊)的企业贝(🔅)克(kè )达公司以对抗格诺西(🧢)斯侵扰的名义，进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开(🔀)发计划，但和当时(🕰)多(duō )使(shǐ )(🏟)用合成(chéng )人(Relian)与生化人(Cyborg)的(🚁)情(qíng )况(🗣)所不同的是，KOS-MOS是个(gè )(🈷)纯粹的机(jī )械制(zhì )品。另一方面，在EPI开始时，参(cān )与KOS-MOS开发计划(🚱)的(🧔)贝克达公司第一开发局(jú )研究人(😯)员卯月(yuè )紫苑，正乘着当(🛹)时载有还没(méi )正式启(🍵)动(🚒)的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想到其(qí )太空船却被(bèi )冲著索(✨)哈尔而来的(de )格(gé )(🖐)诺西斯所(suǒ )攻击，而KOS-MOS也(yě )在此时突(🏳)然启(✏)动，卯月(yuè )紫苑因而(📲)被(bèi )卷入一连(✝)串和格诺西斯及(jí )(📈)索哈尔(ěr )有关的阴谋，以及会改(gǎi )变人类命运的事(shì )件当中……