自西元20XX年(⛲)，人(rén )(🐽)类从肯亚图尔卡纳(🌰)湖的(🕋)湖畔(pàn )挖出了一个(🤢)名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开(kāi )始对它进行研究，后来有人(😎)重建出来所谓的“神(🤷)之(zhī )语言”，并建(jiàn )立电脑程式(🛹)以启动原始索(🛺)哈(📞)尔，进(jìn )行和上位(✖)领(lǐng )域的U-DO(上位领(lǐng )域(🤷)当中的(de )红色(🌙)波动存在(🔩))连结的连结实验(yàn )，但(dàn )很不幸地(🎛)，从上位领域流(🙂)入下位(✋)领域的能量造成了事象变移，使地球(游戏中(🤷)所谓的“失落(🕙)耶(⛳)路(lù )撒冷”)几乎(🎋)完从(🕐)从宇宙(zhòu )中“消失”，人类(🤘)因而被迫(pò )逃亡，离开(👊)地球。　　到了四千年多(duō )后，在故事开始前十五(🚶)的T.C.4753年，米(mǐ )(🈺)尔奇亚(yà )行(háng )星(xīng )(Miltia)爆发了(💸)所谓(🐞)的(🍽)米(🏃)尔奇亚冲突(🔎)事件，在此次(cì )(🆙)事件(jiàn )当(💣)中，米尔奇(⏳)亚行星(xīng )的人类疑似遭(zāo )到(🎦)了(le )格诺西(xī )斯(Gnosis)的(📬)攻击，并在(zài )(😉)冲突(🚩)事(🍹)件后消失，但事件(🔮)的(👅)真相却因为米尔奇亚(yà )的(🐌)消(xiāo )失而不为(😲)人知(⛅)。在事(shì )件(🈸)后，启动原始索(🚓)哈尔（后来人类制造出(🐣)了(🌒)十二具索(suǒ )哈尔模拟体，因此(cǐ )原有的索哈尔就被称之为(wéi )(😄)原(yuán )始索(🖥)哈尔(😙)）所需(xū )的神之(zhī )语(yǔ )(🖥)言、(🌲)原始索哈尔的研究成(🔰)果(🍂)、米尔奇(🍐)亚的(de )U.M.N.座标等事(shì )物，都(dōu )被封存在Y资料当(🤙)中，而Y资料又被封存在百式观(😯)测用合成人(rén )(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这(zhè )么做(zuò )却(què )(🎆)引起了(le )各(🔦)方(fāng )(🔘)势(shì )力对(duì )(📻)M.O.M.O.的争夺，因(yīn )此星(🤩)团联(lián )邦(bāng )政府(游戏中(zhōng )统(😋)治各行星(👂)的政(🗄)府，英文名(💻)Galaxy Federation)雇(gù )了一个(gè )(✒)名叫Ziggurat 8的生(🏃)化(🚇)人(😀)(Cyborg)，以保(💃)护(hù )M.O.M.O.的安全。　　另一(yī )方面，在(zài )米(mǐ )(🕎)尔奇亚(yà )冲突(📜)事(🍀)件结束(🚩)后的十几年，也就(👚)是(shì )大(dà )约在(zài )游戏EPI开始的时(🥐)候，当(dāng )时最大的(de )企业贝克(🛀)达(🈳)公司以(yǐ )对抗格诺西斯(sī )侵扰(rǎo )的(🤥)名义，进行对格诺西斯(sī )用(yòng )战(zhàn )斗兵(bīng )器KOS-MOS的开发计划，但和(🀄)当(🎴)时(shí )多使(shǐ )用合成(chéng )人(Relian)与生化人(Cyborg)的(de )情况所(🛹)不同的是，KOS-MOS是个(🈷)纯粹的机械(🍺)制品。另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开(🐢)发计划的贝克达公司第一开发局研究人(rén )(😯)员卯月紫苑(yuàn )，正乘着当时载有(yǒu )还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空(kōng )船进行(háng )旅途(🖱)。但没想到其(🕙)太空船却被冲著索哈(hā )尔而(ér )(👫)来(💝)的格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在(zài )(🥚)此(cǐ )(🔥)时(shí )突然启动，卯月(yuè )紫苑因而被卷入一连串和格诺(㊙)西斯及索哈尔有(yǒu )关(guān )(⏺)的阴(🎿)谋(móu )，以及会(♊)改变(biàn )人类命运的事(🆔)件当中……