自(🈯)西元(yuán )20XX年，人(🐽)类从(cóng )肯亚图尔(🍩)卡(🔼)纳湖(🃏)的(🕋)湖畔(🕟)挖出了一个(gè )名叫索哈(🔧)尔(Zohar)的物(wù )体之后，便开始对它进行研(yán )究，后来有人(rén )(😎)重(chóng )(🚤)建出来所谓的“神(🤷)之语言”，并建立电脑程式以启动原始索哈(hā )尔，进(🥞)行和上位领(🙁)域的U-DO(上位领域当(🔊)中(💞)的(⏺)红(hóng )色(🌙)波动存在)连结的(🚨)连结实验，但(dàn )很不幸地，从上位领(💻)域(yù )流入下位领域的能(🤠)量(liàng )造成了事象变(biàn )移，使地球(游戏中(zhōng )所谓的“失落(🕙)耶路撒冷(lěng )”)几乎完(wán )从(cóng )从宇宙(zhòu )中“消失”，人类因而被迫逃亡(wáng )，离开地球(💍)。　　到了四千(qiān )年多后，在(zài )故事(🤷)开始前十(shí )五的T.C.4753年，米尔奇(qí )亚行星(Miltia)爆发了所谓的(🍽)米尔(🔞)奇亚冲突事件(🔙)，在此次事件当中，米尔(ěr )(📞)奇亚(yà )行星(xīng )的(🍁)人类(👛)疑似遭到(🎦)了格(🚻)诺西斯(Gnosis)的攻(✖)击，并在冲(chōng )(🚤)突(tū )事(🍹)件后(🏸)消失，但事件的真(zhēn )相(🐈)却(què )因为(wéi )米(mǐ )尔奇亚的消(xiāo )失而不为人知。在(zài )(✒)事件后，启(🛌)动原始索(suǒ )哈(📯)尔(🐇)（后来(lái )人类制造(🏆)出了十(shí )二(èr )具索哈尔模拟体，因(yīn )此原有(♟)的(🔝)索(suǒ )哈尔就被称之(🍗)为(😄)原始索哈(😂)尔）所需的神之语言、原始(👅)索哈(🎇)尔的研究成果(🍂)、(🏉)米尔奇亚的U.M.N.座标等事(🔡)物(wù )，都(dōu )被封(😛)存在Y资料(liào )当中，而Y资料又被封存在(zài )百(bǎi )式观测(cè )用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然(rán )而这么做却引起了各(gè )方势力对M.O.M.O.的争(zhēng )夺(duó )，因(🚹)此星团联邦(🏥)政府(游戏中(📦)统(😋)治各(gè )行(háng )星的政府，英(🎅)文(🚰)名Galaxy Federation)雇了(le )(😓)一个(✒)名(míng )叫Ziggurat 8的(de )生化(🚇)人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全(quán )。　　另一方面(miàn )，在(zài )(☕)米尔奇(🔷)亚冲突事件结束(shù )(🚩)后(hòu )的十几年，也就是(shì )大约在游戏(xì )EPI开(👮)始的时候(hòu )，当时最(📮)大的企业(🏜)贝(bèi )克(🛀)达公(gōng )司以对抗格(gé )诺西斯(🈴)侵扰(📏)的名(míng )义(⭕)，进行对(🎑)格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计(🔹)划(huá )，但(dàn )和当时多(duō )使(shǐ )用合成人(Relian)与生化(huà )人(📰)(Cyborg)的情(qíng )况所不同的是(shì )，KOS-MOS是个(🈷)纯粹的机(jī )械制(🔰)品。另(📥)一方(fāng )面，在(📼)EPI开(kāi )(😛)始时，参(cān )与KOS-MOS开(kāi )发计(jì )划(huá )的(de )(🧔)贝克(kè )达公(🏽)司第(🗝)一开发局(jú )研究人员卯月紫苑(😫)，正乘着当时(shí )(🥪)载有还没正式(shì )启动的KOS-MOS的(❤)Woglinde号太空船(👯)进行旅途。但没想到其太空船(chuán )却被(📫)冲著索(suǒ )(✨)哈尔(ěr )而来的(de )格诺西斯所攻(👼)击，而KOS-MOS也在此(🔥)时突然(🏾)启(qǐ )(✏)动，卯月(🏆)紫(zǐ )苑因(🍙)而被卷(juàn )入一连串和格诺西斯(sī )及索哈尔有关(guān )的(☔)阴谋，以及会改变人类(🐬)命运的(🕝)事件(🔣)当(🕥)中……