自西(🕕)元(yuán )20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的(de )湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物(🏴)体之后(hòu )，便开(kāi )始对(🌫)它进行研究，后来有人重建出来所谓(wèi )的(de )“神(shén )之(zhī )语言”，并建(jiàn )(🙍)立电脑(nǎo )程式以启动(dòng )原始(🕌)索哈尔(ěr )，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色(sè )(🌙)波动存在(🔩))连(lián )结的连结(jié )实验(🖲)，但很(hěn )不(🦗)幸地，从(㊗)上位(wèi )领域(yù )流(liú )入下(🔝)位领域的能(🤠)量(liàng )(🤸)造成(chéng )了事(👓)象(🙀)变移(yí )，使(shǐ )地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎(🎋)完从(cóng )从宇(yǔ )宙(🚴)中“消失(🕯)”，人类因(yīn )而被迫逃亡，离(🍑)开(👊)地球。　(🐾)　到了(🈸)四千(qiān )(🏻)年(🐛)多后，在(zài )故(🥋)事(🤷)开始(🌪)前十五的(de )(💹)T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了(💸)所(🥅)谓的米(mǐ )尔奇(🏴)亚(yà )(🚲)冲突事件，在此次事件(🔫)当中，米尔(ěr )奇亚行星(🎐)的人类疑似遭(zāo )到了(le )格(🚻)诺西斯(Gnosis)的(de )攻击，并在冲突(tū )事件后(hòu )消失，但事件(🔮)的真相却因(yīn )(🍯)为米(mǐ )尔奇(qí )亚的消失而(💛)不(👼)为人知。在事件后，启动原(yuán )始索哈(📯)尔（后来人类制造出了(le )十二具索哈尔模拟(🕌)体，因此(🔮)原有的(de )索哈尔就被称之为原(yuán )(🤠)始索哈尔(ěr )）所(suǒ )需(🐼)的神之(zhī )语(🖥)言、原始索(suǒ )哈尔的(de )研究成果、米尔奇(qí )亚的U.M.N.座标(⏩)等事物，都被封存(cún )在Y资(zī )(🍏)料当中，而Y资(🤫)料又(🎛)被封(💽)存在百式观测用合成(💓)人(Relian)M.O.M.O.的意(🤬)识内(👉)，然而(ér )这么做(🥡)却引起了各方势(🚬)力对M.O.M.O.的(de )(💙)争夺，因此(cǐ )星团联邦政府(📒)(游戏中统治各行星的政府，英(yīng )(🎅)文名Galaxy Federation)雇了一个名叫(jiào )Ziggurat 8的(de )生化人(rén )(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。　(😇)　另一方面，在米尔奇亚(yà )冲突(tū )事件结(🚌)束(🚩)后(🦋)的十几年(nián )(♈)，也就是大(dà )约(🤥)在(📘)游戏EPI开始的时候，当时(🈶)最大的企业(yè )贝克(🛀)达公司以对抗(kàng )格诺西(🧢)斯侵(🥑)扰的(de )名(🔵)义，进(✉)行对格诺西斯(sī )用战斗兵(bīng )器KOS-MOS的开发计(🔹)划，但(🗼)和当时多使用(yòng )合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所(🛹)不(🗂)同的是(✡)，KOS-MOS是个纯粹(cuì )的(🔢)机(🚊)械制品。另(lìng )一方(fāng )面(🤣)，在(📼)EPI开始时(🔋)，参与KOS-MOS开发(💺)计划(huá )的(🧔)贝克达公司第一(yī )开发局研(🔼)究人(rén )员卯(🚃)月紫(🕤)苑(😫)，正(📼)乘着(zhe )当时(shí )载(zǎi )有还没(méi )正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船(chuán )进(jìn )行(💍)旅途。但没想到其太空船却被冲著索哈尔而来的格诺(📎)西斯所攻击，而KOS-MOS也(yě )在此(cǐ )时突然启(qǐ )动(dòng )(🖖)，卯月紫(😐)苑(🌭)因而(ér )被(bèi )卷入(rù )一(yī )连(lián )(✝)串和(🔙)格诺西(xī )斯及索哈(hā )尔有关的(de )阴谋(📪)，以(🕗)及会改(🌓)变(biàn )人类命运的事(🆔)件当中……