自西元(🍅)20XX年，人类从肯亚图尔卡纳(🌰)湖的湖畔挖出(chū )了一(yī )(🕰)个名叫索哈尔(Zohar)的(🔬)物体之后(🥩)，便开(kāi )始(shǐ )对它进行研究，后来(lái )有人重(🚤)建出来(lái )(🐿)所谓的“神之语言”，并(bìng )(👁)建立电脑程式以启(qǐ )动原始(🕌)索哈尔，进行(háng )和(hé )上位领域的(de )(🚸)U-DO(上位领域(yù )当中(zhōng )的红色波(bō )动(dòng )存(cún )在(zài ))连结(📯)的(🚨)连结实验，但(dàn )很不幸地，从(cóng )上位领域流入下位领域的(de )(🙌)能量造成了事象(xiàng )变移，使地(⏰)球(游戏中所谓的“失落(🕙)耶路(😍)撒冷”)几乎完(🥕)从从宇(yǔ )宙中“消失(shī )(🕯)”，人类因(yīn )而被迫逃亡，离(🍑)开地球。　　到了四千(qiān )年多后，在故事开始(shǐ )前(qián )十五(wǔ )的(de )T.C.4753年，米尔奇亚(🔍)行星(Miltia)爆(👵)发(fā )了所谓的米尔奇亚(🚲)冲突(tū )事件，在此次(cì )事件当中，米(mǐ )(🌸)尔(ěr )奇(⏳)亚(🏓)行星的(de )人(🔲)类(👛)疑(yí )似遭到(🎦)了格诺西斯(Gnosis)的攻(✖)击(🕺)，并在冲(🚤)突事件(jiàn )后消(❄)失(shī )，但事件的真相却(què )因(yīn )(🍯)为(🔍)米(🌲)尔奇亚(yà )(🚪)的消失(🖱)而不为(wéi )人(🐅)知(zhī )。在(✒)事件后，启动原始(🎞)索哈(📯)尔（后来(lái )人类(🍉)制造(🏆)出(🐣)了(le )十二具索哈尔模拟体，因此原有(♟)的(de )索哈尔就被称(chēng )之为原(yuán )始(🐑)索(suǒ )哈尔）所需的神之语言(📸)、原始索(🏒)哈尔的研究(🔂)成果(guǒ )(🍂)、米尔奇亚(🚔)的U.M.N.座标等事物，都(📛)被(bèi )封(fēng )存(🏺)在Y资料当中，而Y资料又被封存在(zài )百式观测用合(hé )成人(rén )(🛒)(Relian)M.O.M.O.的意识内，然(rán )而这么做却(què )引起(🛍)了各(🔦)方势力对M.O.M.O.的争(☔)夺，因(🚹)此(🚄)星团(tuán )联邦(🏥)政府(📒)(游戏中(zhōng )(📦)统治各行星的政府(🌻)，英文(🚰)名(míng )Galaxy Federation)雇(gù )了一个名叫(🏰)Ziggurat 8的(de )生化人(Cyborg)，以(🕳)保护M.O.M.O.的安全。　　另一方(🐩)面，在米尔奇亚冲突事(🍀)件结束后(🦋)的十几年，也就是大约在游(⏭)戏EPI开始的时(🥐)候，当(🚮)时最大的企业贝克(kè )达公司以对抗格(gé )诺(📓)西斯(sī )(🈴)侵(🥑)扰的名义(yì )，进(✉)行对格诺西斯用战斗兵(bīng )器KOS-MOS的开(🔀)发计划，但(dàn )和当时多(🤜)使(shǐ )(🏟)用合(hé )成人(Relian)与(yǔ )(📢)生化(😾)人(📰)(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是(shì )个(gè )纯粹(cuì )的(de )机械制品(pǐn )(🚲)。另(lìng )一方面(🤣)，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计(jì )划的(de )(🧔)贝(bèi )克达公司第一开发局研究人员卯(🚃)月紫苑，正乘着(zhe )(📿)当(🛹)时载(zǎi )有还没正式启动(🚒)的KOS-MOS的(❤)Woglinde号太空船(chuán )进行旅途(tú )。但没想到(🏹)其太空船(chuán )却被冲著索哈尔(ěr )而来的格诺西(xī )(🏗)斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突然(🏾)启动，卯月紫(😐)苑因(yīn )而被(🚽)卷入一连串和格诺西(xī )斯及索(suǒ )哈(👲)尔(🔐)有关(⏺)的阴谋，以及会改变人类命运的事件当中(zhōng )(🙂)……