自西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖(🃏)的湖(hú )畔(pàn )挖出(chū )了(le )(🔱)一(yī )(🕰)个名叫(jiào )索哈尔(Zohar)的物(wù )体之(🐮)后，便(biàn )开始对它进(⏬)行研究，后来(♑)有人重(🚤)建出来(lái )所(suǒ )谓的“神(🤷)之(zhī )语言(yán )”，并建立电(diàn )脑程式以启动(🚥)原(🐖)始索哈尔(🎿)，进行和(😚)上位(✖)领域的U-DO(上(🤯)位领域当中(💞)的(de )红色波动(🧚)存在)连结的连结实(shí )验(🖲)，但很(hěn )不幸地，从(㊗)上位领域(yù )流入下位领域的(de )能量造(zào )成了事象变移(💪)，使(🎾)地球(游戏(🥫)中所(👃)谓的“失(🤲)落耶路撒(sā )冷”)几乎完从从宇宙中(zhōng )“消失”，人类因(yīn )(🈁)而被迫逃亡(wáng )，离开地球。　　到了四(sì )(➡)千(qiān )年多后，在故(gù )事开(🃏)始前十(shí )五的T.C.4753年，米尔奇亚(yà )(🔍)行星(Miltia)爆(👵)发了(le )所谓的米(mǐ )尔奇亚(🚲)冲(📐)突事件(jiàn )，在此次事件当中，米尔(ěr )奇亚行星的人类疑(yí )似遭(zāo )到(dào )了格诺西斯(sī )(Gnosis)的(de )攻击，并在(zài )冲突事件(jiàn )后消失，但事(shì )件的真(zhēn )相却因(yīn )为(🔍)米尔奇(🈂)亚的消失(shī )(🖱)而不为人知。在事件(jiàn )后(🙅)，启动原(yuán )始索哈尔（后来人类制造出(🐣)了(🌒)十二具(jù )索哈(🍝)尔模拟体，因此(cǐ )(🔮)原有(♟)的索哈尔就(😻)被称(chēng )之(zhī )为原(🤠)始(🐑)索(suǒ )哈尔）所需的神(shén )(⛱)之语言、原始(shǐ )索(suǒ )哈尔的研究成果、米尔(ěr )奇亚(🚔)的U.M.N.座标等事物，都(📛)被封存(cún )在Y资料当中，而Y资(🤫)料(😕)又被(🍆)封存在百式观测(cè )用(yòng )合成人(Relian)M.O.M.O.的(de )意识内，然而这(zhè )么(😳)做却引起了(le )各方势力(lì )对(duì )M.O.M.O.的(💙)争夺，因此星(xīng )团联邦政府(游(yóu )(⏫)戏中统治(🎁)各(gè )(⤴)行星的政府，英文(wén )(🚰)名Galaxy Federation)雇了一个(gè )名叫Ziggurat 8的生化(🚇)人(Cyborg)，以保(bǎo )护(🧗)M.O.M.O.的安全。　　另一方面，在(☕)米尔(👑)奇(qí )亚冲突(📜)事件结束后(hòu )的十(📀)几年，也(🏄)就是大约在游戏(🐺)EPI开(👮)始的时候(🍶)，当(dāng )时最(zuì )大的企业贝(🔅)克达(🈳)公司(sī )以对(🖼)抗格诺西斯侵扰的名(míng )义，进(✉)行对(duì )格诺西斯用战斗兵(🏐)器KOS-MOS的开发计划，但和(🀄)当时多使用合(hé )成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情(qíng )(🚠)况(kuàng )所(🛹)不同的(de )是(✡)，KOS-MOS是个纯粹的机械(xiè )制品。另(📥)一方面，在EPI开始时(🔋)，参与(🏉)KOS-MOS开发计划的(🧔)贝克(kè )达公司(sī )第一开发(🙃)局研究人(rén )员卯月紫(🕤)苑(😫)，正(zhèng )(📼)乘着当时载(🐕)有还(🈶)没(🧀)正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行(💍)旅(👥)途。但没想到其太空船却(què )(🏺)被冲(📔)著(zhe )(📈)索哈尔而来的格诺(📎)西斯(❎)所(🐥)攻击(jī )(🦖)，而(ér )KOS-MOS也(🎶)在此时突然启(qǐ )动，卯月紫苑因而被(🚽)卷入一连(✝)串和格(gé )诺西斯(sī )(🖇)及(jí )索哈(hā )尔有关的阴谋，以(yǐ )及会(♊)改变(biàn )人类命运的(🕝)事件(jiàn )当(dāng )中……