自西元(yuán )(🍅)20XX年(⛲)，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔(pàn )(🕟)挖(🕸)出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便(😧)开始对它(tā )进行研究，后来有人(rén )重建出(chū )来所谓的“神之语言”，并(bìng )建立电脑程(🥄)式以启动(dòng )原始(shǐ )(🕌)索(🛺)哈尔(🎿)，进行和(hé )上(🍮)位领域的U-DO(上位领域(yù )当(dāng )中的红(hóng )色波动存在)连结的(de )连(lián )结(jié )实验(yàn )，但很(hěn )不幸(xìng )地，从上(shàng )位领域流入下位领域的能(néng )(🤠)量(🤸)造成了(㊙)事象变移，使地(dì )(⏰)球(游戏(xì )(🥫)中(zhōng )所(suǒ )(👃)谓(wèi )的(de )“失落耶路撒冷”)几乎(hū )完从从(🐀)宇宙(🚴)中“消失”，人(🗳)类(lèi )因而(❕)被迫逃亡，离(🍑)开地球(qiú )。　　到了四(➡)千年(nián )多后，在故事开始前十五的T.C.4753年，米(mǐ )尔奇亚行星(🤥)(Miltia)爆发了(le )所谓的米(🏃)尔(ěr )奇(qí )亚冲突事件，在此次事(shì )件(jiàn )当中，米(🌸)尔(📞)奇亚(🏓)行星的人(rén )类疑似遭(👗)到了格(🚻)诺(🍺)西斯(Gnosis)的(📬)攻击，并在冲突事件后消(xiāo )(❄)失，但(dàn )(⏺)事件(jiàn )的真相却因为米尔奇亚的消失而不(👼)为(wéi )人知。在(✒)事件后，启动原(🕵)始索哈尔（后来人类(lèi )制造出了十(🎁)二具索哈尔模(🍈)拟体，因此原有的(de )索(🦐)哈尔就被称之(🍗)为(😄)原始(🐑)索哈(hā )尔）所需的神之(🥈)语(🖥)言、原(yuán )始索(🏒)哈尔的研(🦄)究成(🔰)果、米(🌸)尔(ěr )奇亚的(de )U.M.N.座标等事物(wù )，都被封(😛)存在Y资(zī )料(➿)当(dāng )中(zhōng )，而Y资料又(🎛)被封存(cún )(💍)在百式观(guān )(😯)测(cè )(🆕)用合成人(rén )(Relian)M.O.M.O.的意识(🚖)内，然而(🚞)这么做却(🎆)引(🖨)起了各(🔦)方势力对(📻)M.O.M.O.的争(☔)夺，因(🚹)此星团联邦政府(游戏中统治各行星(👂)的政府，英(🎅)文名Galaxy Federation)雇了(le )一个名(míng )叫(jiào )Ziggurat 8的(🌵)生化人(rén )(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。　(😇)　另(🥖)一方面，在米尔奇亚冲(chōng )突事(shì )件结(jié )束后(🦋)的十(📀)几年(♈)，也就是(🚇)大(🎄)约在游戏EPI开始(💽)的时候，当(dāng )时(🈶)最大的(📂)企业贝克达公司(sī )以对抗格诺西斯侵(qīn )扰(rǎo )的名义，进行对格诺(nuò )(🥂)西斯用战斗兵器KOS-MOS的(de )开发计划(🔨)，但和当时多使用合成人(Relian)与生(🐂)化(😾)人(Cyborg)的情况所(🛹)不同(💴)的是，KOS-MOS是个纯粹(cuì )的机(🚊)械制品。另一(yī )方面，在EPI开(kāi )始时，参与KOS-MOS开发计(jì )划(🚱)的贝克达公司第一(yī )开(kāi )发(fā )局研究人员(yuán )卯(🚃)月(📘)紫苑，正乘着当时载有还没正式(shì )(⬇)启动的(de )KOS-MOS的Woglinde号(hào )太空(kōng )船进行旅(👥)途。但没(✒)想到(dào )其太(tài )(🛵)空船却被(📫)冲著索哈(hā )尔(ěr )而(👫)来(lái )的格诺西斯所攻击(jī )，而KOS-MOS也在此时突(tū )然启动(dòng )，卯(mǎo )月紫苑(yuàn )因(🍙)而被卷入一(♌)连串和格诺西斯(🖇)及(jí )索(💳)哈尔有关(guān )的(de )阴谋，以(yǐ )及会改(gǎi )变人类命(🍮)运(🕕)的(🕝)事(shì )件当(dāng )(🕥)中……