自(🈯)西元20XX年，人类从(📼)肯亚图尔(ěr )卡纳湖的(de )湖畔挖出了(🔱)一个名(🤴)叫(jiào )索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对(duì )它(👋)进行研究，后来(♑)有人(rén )重建出(chū )来所谓的“神之语言(yán )”，并(👁)建立电脑(🔲)程(🥄)式以启(🏐)动原始索哈尔，进行和上(🍮)位领(lǐng )域(😻)的U-DO(上位(wèi )领(lǐng )域(yù )当中(💞)的红色波动存在)连结的连(🛑)结(jié )实验，但(❔)很(💱)不(🦗)幸地，从上位领(💻)域流入下位(✋)领域(🏂)的(🙌)能量造成(🙄)了事象变移(yí )(💪)，使(shǐ )地球(游(⛏)戏中所(👃)谓的“失(🤲)落耶(yē )路撒(💠)冷”)几(🤳)乎完从从(cóng )宇宙中“消失”，人类因而(ér )被(bèi )迫(pò )逃亡，离开地(dì )球。　　到了四千(🏻)年多后(hòu )，在故事开始前十五的T.C.4753年(nián )(🎥)，米(mǐ )(🈺)尔奇亚行星(xīng )(Miltia)爆(👵)发了(le )所(suǒ )(🥅)谓(wèi )的米尔奇亚(🚲)冲突事(shì )件(jiàn )，在此(🐖)次事件(jiàn )(🔫)当中，米尔奇亚(yà )行(háng )星的(de )人类疑似(😳)遭到(dào )了格诺西(🔪)斯(Gnosis)的(📬)攻击(jī )，并在冲突事(shì )件后消失，但事件(🔮)的真相(🐈)却因为米(mǐ )尔奇亚的消(🐱)失(shī )而(ér )不为(wéi )人知。在事件后，启(🛌)动原始索哈尔（后来人类(🍉)制造出(🐣)了(le )十二具索(🏖)哈(hā )尔模拟体，因此(🔮)原有(yǒu )的索哈尔就被称(chēng )之为原(yuán )始索(suǒ )哈尔）(👡)所需(🐼)的神之(🥈)语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座(zuò )标等事(🔡)物，都被(🏫)封存在Y资(zī )料当中，而(ér )Y资料又被封存(cún )在百式观(guān )测用合成人(🛒)(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却(què )(🎆)引(yǐn )起了(🐔)各(gè )方(fāng )势力对(duì )M.O.M.O.的争夺(duó )，因此(cǐ )星团(tuán )联(lián )邦(🏥)政府(游(⏫)戏(xì )(🙎)中统(😋)治各行星的政(🗄)府，英文名Galaxy Federation)雇了(le )一个(gè )名(🔷)叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以(yǐ )(🕳)保护M.O.M.O.的(de )安全。　　另(🥖)一(✝)方(fāng )面，在(☕)米尔奇亚冲(chōng )突事件结束后的十几年，也就是大约在游戏(xì )EPI开始的时候，当时最(📮)大的企业贝克达(dá )公司以(yǐ )对抗格(🔢)诺西斯(🈴)侵扰的名义，进行对格诺西(xī )斯用战斗兵器KOS-MOS的开(kāi )(🔀)发计划(huá )，但和当(dāng )时多使(🏟)用合成人(📌)(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所(suǒ )不(bú )同(tóng )的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制(🔰)品(🚲)。另一方面，在(zài )EPI开始时(shí )(🔋)，参(🥐)与(🏉)KOS-MOS开发计(🛴)划的(🧔)贝(bèi )克达公司第(dì )一开发局研究人员卯(🚃)月紫(🕤)苑，正乘(🛹)着当时(shí )载有还(hái )没(méi )正(🚲)式(shì )(⬇)启动的KOS-MOS的Woglinde号太(🍶)空(🧛)船进(jìn )行(háng )(💍)旅途。但没想(xiǎng )(🧦)到其太(🛵)空船(😾)却被冲著索哈尔而来的(😢)格诺西斯所(🐥)攻击，而KOS-MOS也(🎶)在此时(shí )突(🏳)然启(✏)动，卯月紫(zǐ )苑因而(ér )被卷(💝)入一连串和格诺(㊙)西斯及(jí )索(suǒ )哈尔有(yǒu )关的(☔)阴(🎿)谋，以及会改变(biàn )人类命运的事件当中……(🥇)