自西(xī )元20XX年(nián )(⛲)，人类从肯亚图(🐌)尔卡纳湖(hú )的湖(😘)畔挖出了一个名(míng )叫索哈(🔧)尔(Zohar)的物体之(🐮)后，便开始对(duì )它进行研究，后来有人重建出(chū )来所谓的“神之语言”，并(👁)建立(lì )电脑(🔲)程(🥄)式以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上(🤯)位(😱)领域当中(💞)的红色波(bō )动存在(🔩))连结的连结实验，但(dàn )很(💱)不幸地(🎛)，从(㊗)上位领域流入下位(wèi )领域的能量造成了事(shì )象变(🙉)移，使(🎾)地球(游戏中所谓的“失落耶(yē )路撒冷”)几(jǐ )(🤳)乎(🎋)完从(cóng )从(🐀)宇(🧟)宙(🚴)中“消失(shī )(🕯)”，人类(🤘)因而被迫逃亡，离开(kāi )地球。　　到了(🈸)四千年多后，在(👪)故事开始前十五的T.C.4753年，米尔奇亚(yà )行星(Miltia)爆发(♌)了所谓(wèi )的米尔(ěr )奇(🏴)亚(🚲)冲突事(shì )件，在(zài )此(🐖)次事(shì )件当中(zhōng )，米尔(ěr )奇亚行星(🎐)的人(🔲)类疑(yí )(🕕)似遭到(dào )了(📤)格诺西(🔪)斯(Gnosis)的攻击(🕺)，并(🎴)在冲(🚤)突事(shì )件后(hòu )消(xiāo )失，但(dàn )事件的真(🈳)相却(què )因为(wéi )米(🌲)尔奇(qí )亚的消失而(💛)不为人(rén )知(zhī )。在事件后，启动(🍾)原始索哈(📯)尔(🐇)（后(hòu )来人类制(zhì )造出了(le )十(shí )二具索哈(🍝)尔模拟体，因此原有的(🔝)索哈尔就被(bèi )称之为(😄)原始(shǐ )索哈(😂)尔(😙)）所需的(🕤)神之语言(📸)、原始索哈尔的(de )研究成(🔰)果、米(🌸)尔(ěr )奇亚的U.M.N.座标等事物，都(📛)被(🏫)封存在(zài )Y资料当中(zhōng )(💘)，而Y资料又(yòu )被封存在(zài )(🌄)百式观(guān )测用合成人(rén )(Relian)M.O.M.O.的(de )(🔘)意识(shí )内，然(♿)而(ér )这么(😳)做(zuò )却(🎆)引(🖨)起了各方(🔘)势力对M.O.M.O.的争(zhēng )夺，因此星(xīng )团联邦(🏥)政府(fǔ )(游戏中统治(zhì )各(gè )(⤴)行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇(gù )了一个名(míng )叫(jiào )(🏰)Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护(🧗)M.O.M.O.的安全。　　另一(yī )方(🐩)面，在(zài )米尔(ěr )奇亚冲突事件结(🚌)束后(🦋)的十几年(nián )，也就是大约在游戏(xì )EPI开始的时候，当时最大(dà )的企(qǐ )业贝克达公司(👄)以对(🖼)抗格(gé )诺西(🧢)斯侵扰的名义，进(✉)行对格诺西斯用(😞)战(🙈)斗兵(bīng )器KOS-MOS的开发计划，但和当时多(duō )使用合成人(Relian)与(📢)生(shēng )化人(Cyborg)的(de )情(🚠)况(🗣)所不(🗂)同的是，KOS-MOS是个纯粹的机(🚊)械制品。另一(🈁)方面，在EPI开始(shǐ )时，参(cān )与KOS-MOS开发计划(🚱)的(🧔)贝克达公司第一开(kāi )(〰)发局研(yán )究人员(yuán )卯月(📘)紫苑(😫)，正(📼)乘着当时载有还(hái )没正(zhèng )式启动的KOS-MOS的(de )Woglinde号太空船进(📚)行(háng )旅途。但没(méi )想到其太(tài )空船(chuán )却被冲(chōng )著(zhe )索哈尔(😙)而(ér )来的格(gé )诺西(xī )斯所(🐥)攻击，而KOS-MOS也(🎶)在此(🔥)时突然(rán )启(qǐ )动(🖖)，卯月紫苑因而被卷入一连(lián )串(chuàn )和格诺西斯及(📈)索哈(hā )尔有(⛲)关(guān )的阴谋，以及(📣)会改变人类命运(🕕)的(de )事件当中…(👃)…