自(zì )西(xī )元20XX年，人类从(cóng )肯(kěn )亚图尔卡纳湖(🃏)的(🕋)湖畔挖出(chū )了一个名叫索哈尔(🎗)(Zohar)的物体(🗼)之后，便开(kāi )始对它进行研(yán )究(jiū )，后来有(📼)人重(🚤)建出来(lái )所谓的“神之语言”，并建立(lì )(💆)电脑程式以启动原始索哈尔，进行和(😚)上位(wèi )(✖)领(lǐng )域的U-DO(上(shàng )位领(lǐng )域(🤷)当中的红(🚢)色波动(🧚)存在)连结的(🚨)连结实(shí )验，但很不(🦗)幸地(dì )，从(㊗)上位(wèi )领域(yù )流入下(🔝)位(wèi )(✋)领域的能量造成了事象变移，使地球(qiú )(游戏中所(suǒ )谓的“失落(luò )耶(⛳)路撒冷(lěng )”)几乎完从从宇宙中“消(⚾)失(🕯)”，人类因(🈁)而被迫(💹)逃亡，离开地(🛎)球。　　到(dào )了四千年多后，在故事开始(shǐ )前十五的T.C.4753年，米尔奇亚(🔍)行星(Miltia)爆(👵)发了所(🥅)谓(wèi )(🐞)的米尔(🔞)奇亚冲突(tū )事件(jiàn )，在此次(cì )事件当中(🔥)，米尔(📞)奇亚行星的人类疑似(sì )遭(zāo )到了格诺西斯(Gnosis)的攻击(🕺)，并在冲突事件后(hòu )消失，但(⏺)事件(🔮)的真相(xiàng )(🐈)却(què )(🔬)因(🍯)为米(mǐ )尔奇亚的消(xiāo )失(shī )而不(bú )为(wéi )人知。在事件后(hòu )，启动原始(🎞)索哈尔（后来(lái )人类(lèi )制造出(🐣)了十二具索(🏖)哈尔模拟(🕌)体，因此原有(♟)的索哈尔就被称之(zhī )为(😄)原(yuán )始索哈尔）所需(🐼)的神之语言、原始(shǐ )索哈尔的研(🦄)究(jiū )(🔂)成(chéng )果、米(mǐ )尔奇亚的U.M.N.座标等事(shì )物，都(📛)被(🏫)封存(🏺)在(zài )(🥈)Y资料(liào )当中，而Y资(zī )料又被封存在百式观测(🆕)用(😫)合成人(rén )(Relian)M.O.M.O.的意识(shí )内，然而这么做却引起了各(gè )方(fāng )(🔘)势力(🐊)对(duì )M.O.M.O.的争夺(duó )，因(🚹)此星团联邦政府(游戏(xì )中统治各行星的政府(fǔ )，英(yīng )(🎅)文名Galaxy Federation)雇(gù )了(le )一个(✒)名叫Ziggurat 8的生化(🚇)人(😀)(Cyborg)，以(🕳)保护(🧗)M.O.M.O.的安全。　　(🧜)另一(✝)方面，在米尔奇亚(yà )冲突事(🍀)件(jiàn )结(jié )束(shù )后(hòu )的十几年，也就(👚)是大约在游(⏭)戏(xì )EPI开始的(🚱)时候(hòu )(🍶)，当(🚮)时(🈶)最(📮)大的企(🚔)业贝克达(🈳)公司(👄)以对抗格(🔢)诺西斯(sī )侵(🥑)扰(rǎo )(📏)的(de )名义(yì )，进(jìn )行对格诺(nuò )西(xī )斯(🦇)用(yòng )战(🙈)斗(dòu )(👵)兵(🏐)器KOS-MOS的开(kāi )发计划，但和(hé )当时(shí )多(🤜)使用合成人(Relian)与(yǔ )生化人(rén )(📰)(Cyborg)的(🚁)情况(kuàng )所不同的(de )(⚾)是，KOS-MOS是个纯粹的机械(xiè )制品(🚲)。另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计(🛴)划(huá )(🚱)的贝(👪)克达公司(sī )第一开发(fā )局研究人员(🎯)卯(mǎo )月紫苑，正乘着(zhe )当时载有(yǒu )还没(méi )正式启(🍵)动的KOS-MOS的Woglinde号太空(🧛)船进行旅途。但没想到其太空船却被冲著索(✨)哈尔(ěr )而(ér )来的格(gé )诺西(🏗)斯所攻击，而KOS-MOS也在此(cǐ )时(shí )突(🏳)然启动，卯月紫苑因而(📲)被卷入一连(✝)串和格诺西斯及索哈尔有(yǒu )关(guān )的阴谋，以(🕗)及会改变人(rén )类命运的(🕝)事(🆔)件当中……