自(🈯)西元20XX年，人类(🥇)从肯亚(yà )图尔卡纳(nà )湖的湖畔挖(wā )出(chū )(🛍)了一(🕰)个名叫索哈尔(Zohar)的物(🏴)体(tǐ )之后，便开始对(duì )它进(jìn )行研(yán )究，后来有(📼)人(rén )重(chóng )建出来所谓(🔸)的“神(🤷)之语(🛍)言”，并建立(lì )电脑程式以启(qǐ )动(dòng )原始索哈尔，进行和上位领域的(de )(🚸)U-DO(上位领(🐖)域当(🔊)中的(de )红色波动存(cún )在)连(🌚)结的连结(jié )实验，但(❔)很不幸(xìng )地(🎛)，从上(🥎)位领域流入(rù )下(xià )位(✋)领(🐑)域(🏂)的能量(🤸)造成了事(shì )象变移，使地球(游戏(xì )(🥫)中(🤷)所谓的(de )“失落耶(yē )路(lù )撒冷”)几乎完(wán )从(cóng )(🕐)从宇宙中“消失”，人类因(🈁)而(❕)被(💝)迫逃亡，离开地球(qiú )(💍)。　　到了四千年多后(hòu )，在故事开始前(💅)十(shí )五(wǔ )(🚶)的T.C.4753年，米(🈺)尔(ěr )奇(qí )亚行(háng )(😙)星(🤥)(Miltia)爆发(♌)了所(suǒ )谓的(de )米(mǐ )尔奇亚冲(📐)突事件，在此(🐖)次事件当中，米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺(nuò )(🍺)西斯(Gnosis)的攻击，并在冲(🚤)突事件(jiàn )(⛴)后消失(💁)，但(⏺)事(🧥)件的真相(xiàng )却(què )因(🍯)为(wéi )米尔奇亚的消失而不(👼)为人知。在事件后(hòu )，启动原(🕵)始索哈(hā )尔（后来人类制造出(🐣)了(le )十二具(⛎)索(🏖)哈(hā )尔(🐸)模拟(nǐ )体，因此原有的(🔝)索哈尔就被称之为原始索哈尔）所(👧)需(xū )的神之语言、原(🌽)始索哈尔(🎆)的研究(🔂)成果、米尔奇(🍐)亚的U.M.N.座标等事(shì )物(🃏)，都(📛)被封(😛)存在Y资料当中，而Y资料(😕)又被(bèi )(🍆)封存在百式(🙇)观测用(yòng )合成人(Relian)M.O.M.O.的意(🤬)识内，然(rán )而这么做却引起了各方势力对(📻)M.O.M.O.的争(☔)夺，因(yīn )此星(xīng )团(tuán )联邦政府(游(yóu )(⏫)戏中统治各行星的政府，英(🎅)文(🚰)名(💻)Galaxy Federation)雇(🏺)了(😓)一个名叫Ziggurat 8的生化人(rén )(Cyborg)，以(yǐ )保护M.O.M.O.的安全(quán )。　　另(🥖)一方面(🗒)，在米(🕎)尔(👑)奇亚冲突事件结(🚌)束后的(de )十(shí )(📀)几年，也就是大约(yuē )在游戏(xì )EPI开始的(🚱)时候(hòu )(🍶)，当时(shí )最大的企业贝克(🛀)达(dá )公司以对抗(kàng )格诺(nuò )西斯侵扰的名(míng )(🔵)义，进行对格(gé )诺西斯(sī )(🦇)用战斗兵器KOS-MOS的(de )开(kāi )发计划(🔨)，但和当时多使(🏟)用合(🚝)成人(Relian)与生化(huà )人(Cyborg)的情(🚠)况所(suǒ )(🛹)不(🗂)同的是，KOS-MOS是(shì )个纯粹的机械制品。另(lìng )一方面，在EPI开(kāi )始(shǐ )时(shí )(🔋)，参与(🏉)KOS-MOS开发计划(huá )的贝克达公(🏽)司第一开发局研究人(😯)员(yuán )卯月紫苑(yuàn )，正乘(chéng )(🛹)着当(dāng )时载(zǎi )有(🤱)还没正(🚲)式启动的KOS-MOS的Woglinde号(hào )太空船进行旅途。但没(méi )想到其太空(kōng )船(chuán )却(què )被(📫)冲著索哈尔而来的格(🖐)诺西斯所攻击(jī )，而(🤛)KOS-MOS也(🎶)在(zài )此(cǐ )时(shí )突然启(qǐ )动(dòng )，卯月紫苑因而被卷(juàn )入一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋，以及会改(🌓)变人(rén )类命(mìng )运(yùn )的事(shì )件(🔣)当中……