自(🈯)西元20XX年(⛲)，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖(🕸)出了一个(🤢)名叫索(🎺)哈尔(Zohar)的物体之后(🥩)，便开(🎾)始对它进行研究(❣)，后来有人重建出(chū )来所(suǒ )谓的“神之语言”，并建立(lì )电(✳)脑程式以启动原(🐖)始索哈(hā )尔(ěr )，进行和上位领域的U-DO(上(shàng )位(wèi )(😱)领域当中的红(🚢)色波动存在(🔩))连(🌚)结的连结实(shí )验，但(dàn )很(💱)不幸地，从上位领域流入(📙)下位领(lǐng )域的能(🤠)量造成(🙄)了事象变(biàn )移，使(shǐ )地(dì )(⏰)球(游戏中(zhōng )所(suǒ )谓的“失落(🕙)耶路撒冷”)几乎完从从宇宙(zhòu )中“消(⚾)失”，人类(lèi )因而被迫逃亡(🏉)，离开地球。　(🐾)　到了四千(🏻)年多(🌹)后，在(zài )故事(shì )开始前(qián )十五(🚶)的T.C.4753年，米尔奇亚行星(xīng )(Miltia)爆发了(le )所谓的米尔(ěr )(🔞)奇亚冲突事件，在此次事(shì )件当中，米(mǐ )尔奇(qí )亚(🏓)行星的人类疑似遭到了格(🚻)诺西斯(Gnosis)的攻击(jī )，并(bìng )在(😉)冲突事件(jiàn )后消(❄)失(💁)，但事件的(de )真相却(què )因为米尔奇亚的消(🐱)失(shī )(🖱)而(ér )不为人知(⛅)。在(✒)事件(jiàn )后，启动(dòng )(🍾)原始(shǐ )索哈尔（(♊)后来人类制造出了十二具索哈尔模(mó )(🍈)拟体，因(yīn )此原有的(de )索哈尔就被称之(zhī )为(😄)原始索哈(hā )尔）所需的(🕤)神之语言、原始索哈尔的研究成果(🍂)、米尔(ěr )奇亚(yà )的U.M.N.座标等事(shì )物(wù )(🃏)，都(dōu )被封(fēng )存(🏺)在Y资料(➿)当中(💘)，而Y资(🤫)料又被(bèi )封存(💍)在百式(shì )观测用(😫)合(🕠)成人(Relian)M.O.M.O.的意(🤬)识内，然(♿)而这(zhè )么(me )做(zuò )却引起(🛍)了各方(fāng )势力对(📻)M.O.M.O.的争(☔)夺，因此(🚄)星团联(lián )邦政府(游戏中统(😋)治(🎁)各(⤴)行星的(💼)政府(🌻)，英文(🚰)名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的(🌵)生化人(rén )(Cyborg)，以保(💃)护M.O.M.O.的安(ān )全(quán )。　　另一方面，在米尔奇亚(yà )冲(💦)突事(🍀)件(jiàn )结(🚌)束后的十几(🐑)年(nián )，也就(jiù )(👚)是大约(🤥)在(📘)游戏EPI开始的时(shí )(🥐)候，当(🚮)时最大(dà )的企(qǐ )业贝克(🛀)达公司(sī )以对(🖼)抗格(🔢)诺西斯(sī )侵(qīn )扰的名义，进行对格诺西(xī )斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计(jì )划(huá )(🔨)，但和当时多使用(yòng )(🍚)合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况(kuàng )所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的(de )机(jī )械(xiè )制(🔰)品(pǐn )。另一方(😣)面(miàn )，在EPI开(😛)始时，参(🥐)与KOS-MOS开(kāi )发计(🛴)划的贝克达公司(sī )第(dì )一开(〰)发(fā )局研(🔼)究(jiū )人员卯月紫苑，正(zhèng )(📼)乘着当时载有(🤱)还(🈶)没(méi )正(🚲)式启动的KOS-MOS的Woglinde号(👷)太空(kōng )船进行旅途。但没想到其太空船却(què )被冲(📔)著索(suǒ )哈(😄)尔而来的格诺西斯所(suǒ )攻击(jī )，而(ér )KOS-MOS也(yě )(🎶)在此时(🐉)突然启(qǐ )动，卯月紫苑因而被卷入一连(✝)串(chuàn )和(🔙)格诺西(xī )斯及索哈尔有关(⏺)的阴(yīn )(🎿)谋，以及会改变(biàn )人类(lèi )(🐬)命运的事件当中(zhōng )……