自西元20XX年(nián )，人类(🥇)从肯亚图尔卡(kǎ )纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈(hā )(🔧)尔(Zohar)的物体(tǐ )之后，便(😧)开始对它进行研究，后来有(yǒu )人重建(jiàn )(🖲)出来(lái )所(suǒ )谓的(👑)“神之语言”，并建(jiàn )立电(diàn )脑程式以(🚉)启(🏐)动原始索哈(hā )尔，进行和上位领域的U-DO(上(🤯)位领域当(🔊)中的红色波动(dòng )存(🚣)在(zài )(🔩))连结的连(🛑)结实(😞)验(yàn )，但很(💱)不(bú )幸地，从上(shàng )位领域流入(📙)下位(✋)领域的能量造成(chéng )了事象变移(yí )(💪)，使地球(游戏(🥫)中所(👃)谓的“失落耶路撒冷”)几(jǐ )乎(🎋)完从从宇(🧟)宙中“消失”，人类(lèi )因而被迫逃亡(wáng )，离(lí )开地球。　　(🦇)到了四千年多(🌹)后，在故(gù )事开(kāi )始前十(🌼)五的(💹)T.C.4753年，米尔奇亚(🔍)行星(Miltia)爆(👵)发(fā )(♌)了所(suǒ )谓(wèi )的米尔奇亚冲(chōng )突事件，在此次事件当中，米(🌸)尔奇亚行星的人类(👛)疑似(😳)遭到了格诺(nuò )西斯(Gnosis)的攻(✖)击，并在(zài )冲(chōng )突事件(jiàn )后(hòu )消失，但事件的真(🈳)相(🐈)却因为(🔍)米尔奇亚的消失而不(👼)为人知。在(zài )事件后，启动原始索哈(hā )尔（后(👆)来(🔍)人(🏗)类制(🗒)造出(chū )了十(🎁)二(èr )具索哈尔模(mó )拟(nǐ )体(🏗)，因此原(yuán )(🈺)有的索(🦐)哈(hā )尔就(😻)被称之为原始索哈尔(😙)）所需的神之语(yǔ )言、原(🌽)始索哈尔的(🌶)研(🦄)究成果、米(🌸)尔(ěr )奇亚(🚔)的U.M.N.座标等事(shì )物(🃏)，都(dōu )被封存在Y资料(liào )当(🤙)中，而(⛄)Y资(zī )料(liào )又被封存(💍)在百(bǎi )式观测用合成人(🛒)(Relian)M.O.M.O.的意(yì )识(shí )内(👉)，然而这么做却引起(qǐ )了(le )(🐔)各方势力对M.O.M.O.的争(☔)夺(duó )，因此(cǐ )星团联邦政府(游戏中统(😋)治各行(háng )星的政府(🌻)，英(yīng )文(🚰)名Galaxy Federation)雇(gù )了一个名(míng )叫(jiào )Ziggurat 8的(de )生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全(quán )。　　另(🥖)一方面，在米尔奇亚冲(💦)突事(🍀)件(🥩)结束后的十几年(♈)，也就是(shì )大约(🤥)在游(⏭)戏EPI开始的时(🥐)候(hòu )，当(dāng )时最(zuì )大的企(qǐ )业(yè )贝(🔅)克达(dá )公(😌)司以对抗格诺西斯侵扰的名义，进行(🥤)对格(gé )诺西斯用战斗(dòu )兵器(qì )KOS-MOS的开(🔀)发(🥗)计划(🔨)，但(🗼)和当(🎴)时多(🤜)使用合(hé )成人(📌)(Relian)与生化人(rén )(Cyborg)的(🚁)情况(kuàng )(🗣)所不(bú )同(💴)的是(shì )，KOS-MOS是(🐻)个纯粹(🧜)的机械制品(🚲)。另(lìng )(📥)一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划(huá )的贝克(kè )达公司第(🗝)一开发局(jú )研(🔼)究人员卯月紫苑，正(zhèng )乘着(zhe )当时(shí )载有(🤱)还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号(hào )太空(kōng )船进行旅(lǚ )途。但没(méi )想到其太空船却被冲著(📈)索哈尔(ěr )而(👫)来(💝)的格诺西斯(sī )(❎)所攻击，而KOS-MOS也在此时突然(rán )启动，卯(🍉)月紫(😐)苑因而被卷入一连串和格诺西斯(sī )(🖇)及(📈)索哈尔有关的(de )阴谋，以(yǐ )及会改变(biàn )人类(lèi )命运的(de )事件当(dāng )(🕥)中……