自西元20XX年(nián )，人(rén )类(lèi )从肯(📒)亚图尔卡纳湖的(de )湖畔挖出了(le )(🔱)一(🕰)个(gè )名(míng )叫索哈尔(🎗)(Zohar)的物体之后，便(😧)开始对它进(jìn )行研究，后(🏇)来有(yǒu )(📼)人(rén )重建出来所谓(🔸)的“神之语(yǔ )言”，并建(jiàn )立电脑(nǎo )程式(shì )(🛹)以启(🏐)动(dòng )(🚥)原始(🕌)索(🛺)哈尔(ěr )，进(🥞)行和(hé )上位领域(yù )(😻)的U-DO(上位领域(yù )当中的红色波动存在)连(lián )结的(de )连(lián )结实(😞)验，但(❔)很(hěn )不幸地，从上位(🥔)领(lǐng )域流(🙂)入下位领域的能(🤠)量造成(chéng )了(le )(㊙)事象变移(💪)，使(🎾)地球(qiú )(游戏(xì )中所(suǒ )谓的(de )“失落耶(⛳)路撒冷(👺)”)几乎完(wán )从(cóng )从(🐀)宇宙中“消失”，人类(🤘)因(yīn )而被迫逃亡，离(🍑)开地(dì )球。　　到了四千年多后，在故事开(🃏)始前十五(🚶)的T.C.4753年，米尔(🤔)奇(📧)亚行星(Miltia)爆发了所谓(wèi )的(de )米(🏃)尔奇(🏴)亚(🚲)冲突事件，在此次事(shì )(🖍)件当中，米尔奇(⏳)亚(🏓)行星的人类(lèi )疑似遭(zāo )到了格(🚻)诺(🍺)西斯(Gnosis)的攻(✖)击(jī )，并在冲突(tū )事件后(hòu )消失，但事件(🔮)的真相却因为(🔍)米(🌲)尔奇亚的消失而不为人知。在事件后，启(qǐ )动原始索哈尔（后来人类制造出(🐣)了十二具(jù )索(🏖)哈尔(🐸)模(🍈)拟体，因此原有(yǒu )的索哈尔就被(bèi )称(chēng )之为(😄)原(🤠)始索哈尔(ěr )）所(👧)需的神之语言(📸)、原(🌽)始索(suǒ )哈尔的(de )研究成果(guǒ )、米尔奇亚的U.M.N.座(zuò )标(⏩)等事物，都被封存在Y资料当中，而Y资料又(🎛)被(bèi )封存在(zài )百式观测用合(hé )成人(🛒)(Relian)M.O.M.O.的意识(shí )(🚖)内，然而这么做(🥡)却(🎆)引(🖨)起了各(🔦)方势(shì )力(lì )对(duì )M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦政府(游戏中统(tǒng )治各行星(👂)的政(zhèng )府，英文名Galaxy Federation)雇了(le )(😓)一个名(🔷)叫Ziggurat 8的(de )生(shēng )化(🚇)人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。　　另(🥖)一方面，在米尔奇亚冲突事件(jiàn )结(jié )(🚌)束(shù )(🚩)后的十几年，也(yě )就是大约在游戏EPI开始(shǐ )的时候，当时(shí )最大的(de )企业贝克达公司(sī )(👄)以对抗格(gé )诺西斯侵扰(📏)的名义(⭕)，进行(háng )对(🎑)格(📐)诺西斯用战斗兵(🏐)器KOS-MOS的开发(🥗)计划，但(🗼)和(hé )(🀄)当时(shí )多使用(yòng )合成人(rén )(Relian)与(📢)生(shēng )化人(rén )(📰)(Cyborg)的(🚁)情况(kuàng )(🗣)所不(bú )同的是，KOS-MOS是(shì )个纯粹的机(jī )械制品。另一方面(miàn )，在EPI开始时(shí )，参与(yǔ )(🏉)KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发(fā )(🙃)局研究人(😯)员卯月紫苑，正(zhèng )乘着当时(shí )载(🐕)有还没正式启动(🚒)的KOS-MOS的Woglinde号太空船(chuán )进行旅途。但没想到(🏹)其太空船却(què )被冲(chōng )著索哈尔(😙)而来的格诺西斯所(suǒ )攻击，而KOS-MOS也(🎶)在此时(🐉)突(🏳)然启动，卯(mǎo )月紫(😐)苑(yuàn )因(🍙)而被卷(juàn )入一(yī )连串和格诺西(🤯)斯(🖇)及索哈尔有关(⏺)的阴谋(📪)，以及会改变人类(🐬)命运的(de )事件(jiàn )当中……(🥇)