自西元(yuán )20XX年，人类从(📼)肯(kěn )亚(🏽)图尔卡纳湖的(de )湖畔挖出(chū )了一(yī )个名叫索哈(🔧)尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进(jìn )行研究(jiū )，后(🏇)来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立(💆)电(diàn )脑程(chéng )式以启(🏐)动原始索(🛺)哈尔，进行和(hé )上位(wèi )领域(yù )的U-DO(上位(wèi )领(lǐng )域当中(zhōng )的(de )红色(🌙)波动存在)连(🌚)结的(de )连结实验，但很(💱)不(bú )幸(🌑)地，从(cóng )(㊗)上位(🥔)领(lǐng )域流入下位(wèi )领(lǐng )域的能(néng )量造成了(le )事象变移(💪)，使(🎾)地(⏰)球(游戏(🥫)中所(👃)谓的“失落(luò )耶路撒冷”)几乎完从(🕐)从宇宙中(🧣)“消(xiāo )失(🕯)”，人类(🤘)因而(ér )被迫逃亡(🏉)，离(🍑)开地球。　　到(😊)了四千年多(duō )后，在故事开始前十五的T.C.4753年，米尔奇(📧)亚(yà )行星(Miltia)爆(bào )发了所谓的米尔奇亚冲突(🔎)事件，在(👄)此次事(🖍)件当中，米(🌸)尔(ěr )奇(qí )亚(yà )行星的(🍁)人类(lèi )疑似(sì )遭(👗)到了格(🚻)诺西斯(Gnosis)的攻击(🕺)，并(bìng )在(😉)冲突事件后(🏸)消失，但事(🧥)件的真相(🐈)却因(🍯)为(🔍)米尔(💕)奇(qí )亚的消(xiāo )失(shī )(🖱)而(💛)不为人知。在事件(jiàn )后，启动(dòng )原始索哈尔（后来(lái )人类(🍉)制造(🏆)出了十(shí )(🎁)二具索(suǒ )哈(hā )尔模拟体，因此原有的索哈尔就(jiù )被称(chēng )之为原始索(suǒ )哈尔）(👡)所(👧)需(🐼)的神(shén )之(zhī )(🥈)语言、原始索(🏒)哈尔的研(yán )究(jiū )成果(🍂)、(🏉)米尔奇亚的U.M.N.座(zuò )标等事物，都被(bèi )封存(cún )在Y资料当中，而Y资料又(🎛)被(bèi )(🍆)封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的(de )(🔘)意识内，然(rán )而这么做却引起了(le )各方势(shì )力对M.O.M.O.的争夺，因(🚹)此星团联邦政府(游戏中统治各(⤴)行(🛺)星的(de )政府，英(yīng )文名Galaxy Federation)雇(gù )了(le )一个名叫(🏰)Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。　　另一方(🐩)面，在米尔奇亚冲突事件结(jié )束后的十(shí )几年(♈)，也(🏄)就是大约在游戏(xì )EPI开(kāi )始的时候(hòu )，当时(🈶)最大(dà )的企业贝克(🛀)达公司以对抗(💁)格诺西斯(🈴)侵扰(📏)的(de )名(míng )(🔵)义，进行(🥤)对格诺西(🔹)斯用战(zhàn )(🙈)斗(dòu )兵器(qì )(🐆)KOS-MOS的(de )开发计(jì )划(🔨)，但和当时(shí )多使用(🍚)合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情(🚠)况(kuàng )所(🛹)不(bú )(🗂)同(tóng )的是，KOS-MOS是个(🈷)纯粹的(🔢)机械制(🔰)品(pǐn )。另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开(🐢)发计(jì )划的(🧔)贝克达公司(🔛)第(🗝)一开发局(jú )研究人员(🎯)卯月紫(zǐ )苑，正乘着当时载有还没正式启动(🚒)的KOS-MOS的Woglinde号太空船(chuán )进行(háng )旅途(tú )。但没想(🧦)到其太空(kōng )船却被冲著索哈尔(ěr )而来的(😢)格(gé )(🖐)诺西斯所(🐥)攻击(jī )，而KOS-MOS也在此时突(tū )然(rán )启动，卯月紫(zǐ )苑因而被卷(juàn )入(🤕)一连串和格(🌳)诺西斯(sī )(🖇)及索哈尔(ěr )有(yǒu )(⛲)关的阴谋(móu )，以及(📣)会改变(🌂)人类命运(yùn )的事(🆔)件当中…(👃)…