自西元20XX年，人(rén )类从肯亚图尔(ěr )卡(🔼)纳(nà )湖(hú )的湖(😘)畔挖出了一个名(míng )叫(jiào )索哈尔(Zohar)的物(wù )体之(zhī )后，便开始对(duì )它进行研究(jiū )，后来(♑)有人重(🚤)建(jiàn )出来(lái )(🐿)所谓的“神之语言(yán )”，并(👁)建立电脑程(🥄)式以启动原(yuán )始(🕌)索哈尔(ěr )，进行(háng )和(😚)上位领域的U-DO(上位领(🐖)域当中(💞)的(⏺)红色波动存在(zài ))连(lián )结的(de )连结(jié )实(shí )验，但很不幸地(🎛)，从上位(wèi )领域流(🙂)入下(xià )位领域的能(🤠)量造成了(㊙)事象变移，使地球(游戏中所谓的(de )“失(🤲)落耶路撒冷”)几乎完从从宇(yǔ )宙(zhòu )中(🧣)“消失”，人(rén )类因而(ér )被迫逃亡，离(lí )开地球(qiú )。　(🐾)　到了四千年(🐛)多后，在故(gù )事(shì )(🤷)开始(shǐ )前十(🌼)五的T.C.4753年，米(🈺)尔(ěr )奇亚行星(Miltia)爆发(♌)了(💸)所谓的米尔奇(🏴)亚冲突(🔎)事件，在此(🐖)次事件当(dāng )中(🔥)，米尔奇(⏳)亚(🏓)行星的人类疑似遭(zāo )(👗)到了格诺西斯(Gnosis)的(📬)攻击，并(bìng )在冲突事(🍹)件后消(❄)失(💁)，但(⏺)事件的真相却(🔬)因为(wéi )米(🌲)尔奇(qí )亚(yà )的(de )消失而不(👼)为(wéi )人知。在事件后，启动(🍾)原(🕵)始(shǐ )索哈尔(ěr )（后(👆)来(🔍)人类制(zhì )(🗒)造出了(🌒)十(shí )二具索(suǒ )哈尔(ěr )模拟体，因(yīn )此原有(♟)的索哈尔(ěr )(🍏)就(jiù )被称之为原(yuán )始索哈(hā )尔(😙)）(👡)所需的神(⛱)之语(🖥)言、原始(👅)索哈尔(🎆)的研究成果、(🏉)米尔奇亚(🚔)的(🧔)U.M.N.座标等事(shì )物，都被封存在Y资料当中，而Y资料(liào )又被封存在百(bǎi )式(shì )观测用(yòng )合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然(♿)而这(zhè )么(me )做却引起了(🐔)各(gè )方势(shì )力对M.O.M.O.的(de )争夺(duó )，因(🚹)此(cǐ )(🚄)星(🤩)团(tuán )联邦政府(游戏中(📦)统治各(gè )(⤴)行星的政府，英(🎅)文名(💻)Galaxy Federation)雇(gù )了一个名(🔷)叫Ziggurat 8的(🌵)生化人(Cyborg)，以(🕳)保(💃)护M.O.M.O.的(📑)安(ān )全。　　另一方面，在米尔奇亚冲突事(shì )(🍀)件结束后的十几(🐑)年(nián )，也就(jiù )是大(🎄)约在游戏(xì )EPI开始(shǐ )的(de )时候，当时最大的企业(yè )贝(bèi )克达公(😌)司以对抗格诺西(🧢)斯侵扰的名义，进行对格诺西斯(sī )(🦇)用战斗兵器KOS-MOS的开(🔀)发计划，但和当时多(duō )使(🏟)用合成(chéng )人(Relian)与生(🐂)化人(Cyborg)的情况(kuàng )所(🛹)不(bú )同的是，KOS-MOS是(shì )个纯粹(cuì )的机械(xiè )制品。另一方面，在EPI开始时，参与(🏉)KOS-MOS开(kāi )发计划的贝克(🙊)达公(gōng )司第一开发局(👺)研究人员卯月(yuè )紫苑，正乘着当时载(🐕)有还(🈶)没正式启(qǐ )(🍵)动的KOS-MOS的Woglinde号太(tài )空(kōng )(🧛)船进行旅(lǚ )途。但没想(xiǎng )到(🏹)其(🕙)太空船却(🏺)被冲著索哈(hā )尔而(ér )来(lái )的(😢)格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突然启(✏)动，卯月紫苑(🌭)因而被卷入一连(lián )(✝)串(chuàn )和格诺(㊙)西斯及索(💳)哈尔(ěr )有关(guān )的阴谋，以及会改变人类(🐬)命(🍮)运的事件当中……