自(🈯)西元20XX年，人(🐽)类从(cóng )肯亚(🏽)图(🐌)尔卡(kǎ )纳(nà )湖的湖(hú )畔挖出了一(yī )个名(🤴)叫索(suǒ )(🎺)哈(🔧)尔(Zohar)的(de )(🔬)物体之后(hòu )，便开始对(🌫)它进行研究，后来有(📼)人(rén )重建出来所谓的(de )“神之语言”，并建立电脑程式(shì )(🛹)以启动原始(shǐ )索(suǒ )哈尔，进行和上位领域的(🚸)U-DO(上位(😱)领域(yù )当中的红色波(📎)动存在)连(🌚)结的连结实验，但很不幸地，从上(shàng )位领域流入(📙)下位领(lǐng )域的(de )能量造成了事象变(biàn )移(yí )(💪)，使(shǐ )地球(qiú )(游戏中(🤷)所(suǒ )谓的“失落耶路(lù )撒冷”)几(jǐ )乎(🎋)完从从宇宙中“消失”，人(rén )类因(yīn )(🈁)而(ér )被(💝)迫逃(💔)亡，离开(kāi )地球。　　(🦇)到了四(➡)千年多后，在故事开(kāi )始前十五的(💹)T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发(♌)了(le )(💸)所谓的米尔奇(🏴)亚(yà )冲(chōng )突事件，在此(cǐ )次事件当(dāng )中(zhōng )，米尔奇(⏳)亚行星的(de )(🍁)人类疑似遭到了格诺西斯(sī )(Gnosis)的攻击(🕺)，并在冲突事(🍹)件后消失，但事件的真相却因为(🔍)米尔(ěr )奇(🈂)亚的消失而不为人知。在(zài )事件后，启动(🍾)原始(🎞)索哈(📯)尔（(♊)后来(🔍)人类制造(🏆)出了十二(èr )具索哈尔模拟体，因此(🔮)原(yuán )有的索(🦐)哈尔就(jiù )被称之(🍗)为(wéi )原始索哈尔(😙)）所需的神之语(🖥)言(📸)、原(yuán )始索哈尔(🎆)的研究成果(guǒ )、米尔(📳)奇亚(yà )的U.M.N.座(🏓)标等(🤳)事物，都被封存在Y资(🍏)料当中，而Y资料又(yòu )被(bèi )封存在百式观测用(yòng )(😫)合(🕠)成人(Relian)M.O.M.O.的意识内(nèi )，然而这么(😳)做却引起(qǐ )了各方(fāng )势力对M.O.M.O.的争夺(📧)，因此星团联邦政府(游戏(xì )中统(😋)治各行星的政(🗄)府，英(yīng )文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的(🌵)生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。　　另一(✝)方面，在米尔奇亚冲突事(shì )件结束后的十几年，也(yě )就是大(dà )约在游戏EPI开(👮)始的时(shí )候(hòu )，当(🚮)时(shí )最大的企业贝克(kè )(🛀)达公(gōng )司(👄)以对抗格(gé )(🔢)诺(nuò )西(🧢)斯侵扰的名(🔵)义，进行对格(gé )诺西(🔹)斯用战(zhàn )斗(dòu )(👵)兵器(🐆)KOS-MOS的开发(🥗)计划，但和当(🎴)时多使用(🍚)合成人(Relian)与(yǔ )生(shēng )(🐂)化人(📰)(Cyborg)的(🚁)情况(kuàng )所(suǒ )不同的(⚾)是，KOS-MOS是个纯(chún )粹(🧜)的机械(xiè )制(zhì )品。另一方面(🤣)，在EPI开始时(shí )，参与KOS-MOS开(🐢)发计划的贝(bèi )克达公(gōng )司第一(yī )开发(🙃)局研究人员卯月(📘)紫(🕤)苑(😫)，正乘着当时(shí )载有(🤱)还(🈶)没(méi )正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船(👯)进行(💍)旅(👥)途(🖱)。但(♟)没想到其(qí )太空船却被冲(📔)著索哈尔而来的格诺西斯所攻(gōng )击，而(ér )KOS-MOS也在此时(shí )突(tū )然(rán )(🏾)启动，卯(mǎo )月紫(😐)苑(🌭)因而被(🚽)卷(juàn )入一连串(chuàn )和格诺西(🤯)斯(🖇)及索(suǒ )哈尔(ěr )有关的(☔)阴谋(📪)，以(yǐ )及会改变人类命(mìng )运的事(shì )件(jiàn )当中……