自(zì )西元20XX年(nián )，人(🐽)类从肯亚(🏽)图(tú )(🐌)尔(🍩)卡纳湖的湖畔(🕟)挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的(🔬)物(wù )体之后，便(😧)开始对它进行(🎲)研(🎏)究，后来有人重建(🖲)出来所谓的(de )“神之语言”，并建(🙍)立(💆)电(diàn )脑(nǎo )程式以启动原始索哈尔，进行和上(🍮)位领域的(de )U-DO(上位领域当中的红色波动存在(zài ))连结(📯)的连结实(shí )验，但(dàn )很(hěn )(💱)不幸地，从上(🥎)位领域流入下位领域的能量造成(chéng )了事象变移，使地球(游戏中所谓的“失落耶路(lù )撒(💠)冷(lěng )”)几乎(hū )完(🥕)从从宇宙中“消(xiāo )失(🕯)”，人类(🤘)因而(❕)被迫逃亡(wáng )，离开地球。　　到(😊)了(le )四(➡)千年(nián )多后(hòu )，在故事开始前十五的(💹)T.C.4753年(🎥)，米尔(🤔)奇亚行星(Miltia)爆(bào )(👵)发了(💸)所(suǒ )谓的米尔奇亚冲突(🔎)事件，在此次(🆙)事(shì )件当中，米尔奇亚行(háng )星的人类疑似遭到了格诺(nuò )西斯(Gnosis)的(📬)攻击，并在(zài )冲突(tū )(🚩)事件后消失，但事件的(de )真相却因(yīn )为(🔍)米尔奇(qí )(🈂)亚的消失(shī )而不(bú )为人知(zhī )。在事(💨)件(🈸)后(🙅)，启动原始索哈尔(🐇)（后来人类制造(zào )出了(🌒)十二(èr )具索(🏖)哈尔(🐸)模拟体，因此原(yuán )有的索哈(🏁)尔(ěr )就被称之为原始索哈尔）所需的神之(zhī )(🥈)语(yǔ )言、原始索(suǒ )哈(🎇)尔(🎆)的研究成果(🍂)、(🏉)米尔奇亚的U.M.N.座(zuò )标(biāo )等(🤳)事物，都(📛)被封存在(zài )(🥈)Y资料当中(💘)，而Y资料又(yòu )被封(💽)存(cún )在(🌄)百式观(guān )测用合(🕠)成(chéng )人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这(🈲)么做却引(yǐn )起(qǐ )了各(🔦)方(🔘)势(🚬)力(🐊)对M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦(bāng )政府(📒)(游戏中统(😋)治各行星的政(zhèng )府(🌻)，英文名Galaxy Federation)雇了一个名(míng )叫Ziggurat 8的(de )生化(huà )(🚇)人(rén )(😀)(Cyborg)，以(🕳)保(bǎo )护(hù )M.O.M.O.的(de )安全。　　另一(yī )方面，在(zài )米(mǐ )尔(ěr )奇亚冲突(📜)事件结(jié )束后的(😄)十几年，也就是大约在游戏EPI开始的时(🥐)候(hòu )，当时(🈶)最大的(de )(📂)企业贝(🔅)克达公司以对抗格(🔢)诺(📓)西(xī )(🧢)斯(🈴)侵扰的名(míng )义(yì )，进行对(🎑)格(gé )诺西(xī )斯用战(🙈)斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和当时(shí )多使(🏟)用(yòng )合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情(qíng )况(kuàng )所不(🗂)同的(⚾)是，KOS-MOS是个纯粹(cuì )的机械制品。另(lìng )一(yī )方(fāng )面(🤣)，在EPI开始时(shí )，参(🥐)与KOS-MOS开(kāi )发计划的贝(bèi )克达公司第一开发(🙃)局(jú )研究人(😯)员卯(🚃)月紫苑(yuàn )，正(📼)乘着(📿)当时载(🐕)有(yǒu )还没正(zhèng )(🚲)式启动的KOS-MOS的(❤)Woglinde号太空船(👯)进行旅途。但没想(🧦)到(dào )其太(tài )空船却被冲著索哈尔而来的格(gé )诺西(🏗)斯(sī )所攻击，而KOS-MOS也在此(cǐ )时突然启(✏)动，卯月紫苑(yuàn )因而被卷(💝)入一连串和格(gé )诺(㊙)西斯及索哈尔有关的阴谋(móu )，以(🕗)及(📣)会改变(biàn )人类命运的事件(🔣)当中……