自西元20XX年，人类(lèi )从(📼)肯(📒)亚(🏽)图尔卡纳湖的湖畔(pàn )挖出了一个名叫(🍥)索(🎺)哈尔(ěr )(Zohar)的物体之(zhī )(🐮)后，便(biàn )开(🎾)始(shǐ )对它进行研究，后(🏇)来有(yǒu )人重建(jiàn )出来所谓(🔸)的(de )“神之语言”，并建(jiàn )立电(diàn )脑程式以启动原始索哈尔，进行和上位领(lǐng )域的(🚸)U-DO(上位(wèi )领域(yù )(🤷)当中的红色(sè )波动(dòng )存在)连结的连结实验(yàn )(🖲)，但很不(🦗)幸地，从上(shàng )(🥎)位领域流入(📙)下(xià )位(✋)领域的(🙌)能量造成了(le )事象变移，使(🎾)地球(qiú )(🈴)(游戏中所谓的(de )(🔔)“失落耶(yē )路撒冷(👺)”)几乎(🎋)完(wán )从从(cóng )宇宙(🚴)中“消失”，人(rén )类(lèi )因而(❕)被迫逃(táo )亡(wáng )(🏉)，离开(kāi )(👊)地球。　　到(dào )了四千(qiān )年多后(hòu )，在故(gù )事开始前(qián )十(🌼)五的T.C.4753年，米(🈺)尔奇亚行(😙)星(Miltia)爆发了所谓的米(🏃)尔奇亚(🚲)冲突事(🌂)件，在此次事件当中，米(mǐ )(🌸)尔(📞)奇亚(yà )行(háng )星的人类(👛)疑(yí )似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在(😉)冲突事件(jiàn )后(hòu )消失，但事件的(de )真相却因为米(🌲)尔奇亚(🚪)的(🐌)消失(shī )而(💛)不为人知。在事(shì )件(jiàn )(🈸)后(🙅)，启动原始(shǐ )索(suǒ )哈(📯)尔（后来人类制造出了十二(🎆)具索哈尔(🐸)模拟体(🏗)，因此原有的(🔝)索(suǒ )哈尔就被称(⏭)之为原始索哈尔）所需的神之语言、原始索哈尔的研(🦄)究成果、米(mǐ )尔奇(🍐)亚的(🧔)U.M.N.座(zuò )标等(🤳)事物，都被封(fēng )存在Y资料当中，而(⛄)Y资(zī )料(liào )又(yòu )被封存在(🌄)百式(shì )观测用合成人(rén )(Relian)M.O.M.O.的(de )(🔘)意识内，然(rán )而这么(me )做却引(yǐn )起了各(🔦)方势(shì )(🚬)力对(📻)M.O.M.O.的争夺，因此星团联(lián )(😍)邦(🏥)政府(fǔ )(游戏中(zhōng )统(tǒng )(😋)治各行星的政府(🌻)，英文(🚰)名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的(de )生化(🚇)人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。　(😇)　另(🥖)一方面(miàn )，在米尔奇(qí )亚(yà )冲(💦)突事(🍀)件结束后的(de )十几年(nián )，也就是(shì )(🚇)大(🎄)约在(zài )游戏(xì )EPI开始(💽)的(🚱)时候，当时最大的(📂)企(qǐ )业贝克达(dá )(🈳)公司(sī )以对抗格诺西斯(sī )(🈴)侵扰的名(🔵)义，进行对格诺西斯用(😞)战斗兵器KOS-MOS的开发计划(🔨)，但和(hé )当(🎴)时(🕰)多(duō )使用合成人(Relian)与生(shēng )化人(Cyborg)的情(🚠)况所不同的(de )是，KOS-MOS是个纯(🔪)粹的机(🚊)械(🍺)制品。另一方(😣)面，在EPI开始(♑)时，参与(🏉)KOS-MOS开发计划(🚱)的贝克达公(🏽)司第(dì )一开发(fā )局研究人员(yuán )(🎯)卯月紫苑(yuàn )，正乘着(📿)当时(🥪)载(🐕)有还没(méi )正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进(jìn )行旅(lǚ )途。但没想到其太空(kōng )船却被(bèi )冲著索哈(hā )尔而来的格诺西(🏗)斯所攻(gōng )击，而KOS-MOS也在此时突然启动(🖖)，卯(mǎo )月紫苑因(yīn )而(ér )被卷入(🤕)一连串和(hé )格诺西斯(🖇)及索哈尔有(yǒu )关的阴谋，以及(jí )会改变人(rén )类(🐬)命(mìng )运的事件当中……(🥇)