自西元(🍅)20XX年，人类从肯亚图尔卡纳(🌰)湖(hú )的湖畔挖(🕸)出(chū )了(le )一(yī )个名(míng )叫索哈尔(Zohar)的物体之(🐮)后，便开(kāi )始(shǐ )对(🌫)它进行(háng )研究，后(🏇)来有人重建出来(🐿)所(🕔)谓(wèi )的(👑)“神之语(🛍)言(yán )”，并建(jiàn )立电脑(🔲)程式以启(🏐)动原始(🕌)索(🛺)哈尔，进行和上位领域的U-DO(上(🤯)位(wèi )领域当中的红(🚢)色(🌙)波动存在(zài )(🔩))连结的(de )连(🛑)结(jié )实验，但很不幸地，从(㊗)上(shàng )(🥎)位领域流(liú )(🙂)入下(🔝)位领域(yù )的能量(liàng )(🤸)造成了事象变移，使地球(🈴)(游戏中所(👃)谓的“失落耶(yē )路撒冷”)几乎完从从宇宙中(zhōng )“消失”，人(🗳)类因而(ér )被迫逃亡，离开(kāi )地(dì )球。　　到(dào )(😊)了四千年(nián )(🐛)多(duō )后，在故(🥋)事开始前(💅)十五的(💹)T.C.4753年，米(mǐ )尔奇亚(🔍)行星(xīng )(Miltia)爆发(fā )了所(suǒ )(🥅)谓的米尔奇亚(yà )冲(📐)突事(🌂)件，在(zài )此次(cì )事件当中，米尔奇亚行(🚽)星(xīng )的(de )人(rén )类(lèi )(👛)疑似(sì )遭(zāo )到了格诺(🍺)西斯(Gnosis)的攻击，并(🎴)在冲突(tū )事(shì )件(jiàn )后消失，但事件(jiàn )的真相却因(yīn )为米尔奇亚(yà )的(de )消(xiāo )失(shī )而(💛)不为人知。在事件后，启动(🍾)原始索哈尔（后来(🔍)人类制造出了十(shí )二(🎆)具索哈尔(🐸)模拟体(tǐ )，因此(🔮)原有的索(suǒ )哈尔就被称之为(wéi )原始索哈(😂)尔）所需的神之语言、原始索(🏒)哈尔(ěr )的研(yán )究成果、米尔(📳)奇(🍐)亚(yà )的U.M.N.座标等事物，都(📛)被封存(cún )在Y资料当中(💘)，而(⛄)Y资料(liào )又被封(💽)存在(zài )百式观(😯)测用合(hé )成人(Relian)M.O.M.O.的意(🤬)识(shí )内，然而(ér )这么做却(🎆)引起了各(gè )(🔦)方势力(lì )对M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦政府(游戏中统治各行星(xīng )的政府(🌻)，英文名(💻)Galaxy Federation)雇了一个(✒)名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护(hù )M.O.M.O.的安全。　　另一方面，在米尔奇(qí )(🔷)亚冲(💦)突事件结束后的(de )十(📀)几年，也就(jiù )是大约在(📘)游戏EPI开(kāi )始的时(shí )候，当时最(📮)大的企(qǐ )(🚔)业贝克(kè )达(dá )公司以(👻)对(🖼)抗格诺西斯(🈴)侵扰(rǎo )的名义，进行对(duì )格(gé )(📐)诺西(xī )斯用(😞)战(zhàn )斗兵器(qì )KOS-MOS的开发计划，但(dàn )和当时多使用合成人(Relian)与生(🐂)化人(Cyborg)的情况所不(🗂)同(tóng )的(⚾)是(shì )，KOS-MOS是个(gè )纯粹的(🔢)机械制(🔰)品(pǐn )。另一方(fāng )面(🤣)，在EPI开始时(shí )，参与(yǔ )KOS-MOS开发计划的贝克达公司第(🗝)一开发局研(yán )究人(😯)员(yuán )卯月(yuè )紫苑，正(📼)乘着当时载(zǎi )有还没正式启(qǐ )动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但(dàn )没想到其太(🛵)空船却被冲(📔)著索哈尔(😙)而(ér )(👫)来的格诺西斯(❎)所攻(gōng )(👼)击，而(ér )(🤛)KOS-MOS也在(🥚)此时突(🏳)然启动(🖖)，卯(🍉)月紫苑因而被卷入一连串和格诺西(🤯)斯(sī )及索(💳)哈(👲)尔有关的阴谋，以及会改变(biàn )人类命运的事件(🔣)当(🕥)中(🙂)…(👃)…