自西元20XX年，人(rén )类从肯亚(🏽)图(🐌)尔卡纳(🌰)湖的湖畔挖出了一个名叫索哈(🔧)尔(Zohar)的(🔬)物体之(🐮)后，便开始对(🌫)它进行研究，后来(♑)有(📼)人重建(jiàn )出来(🐿)所谓的“神(shén )(🤷)之语言”，并建(jiàn )立电脑(🔲)程(chéng )式(🛹)以启动原始索哈尔(🎿)，进行(háng )(🗑)和上位领域的U-DO(上(shàng )位(😱)领域(yù )(🤷)当(dāng )中(💞)的(de )红(hóng )色波动存在(zài )(🔩))连结的连(lián )结实(😞)验，但很(hěn )不幸地，从(㊗)上位领域流入(📙)下位(✋)领(🐑)域的能(néng )量造(zào )(🌞)成了(㊙)事象(xiàng )变移，使地球(🈴)(游戏(🥫)中(🤷)所谓的“失落(🕙)耶路(😍)撒冷”)几乎完(wán )从从宇宙中“消失”，人类因而被(bèi )迫(💹)逃(táo )亡，离开地(🛎)球(qiú )。　　到了(le )(🈸)四(sì )(➡)千年(nián )多后(⛏)，在(👪)故事开始(shǐ )前十(🌼)五的T.C.4753年，米尔(🤔)奇亚行星(🤥)(Miltia)爆发了所谓(🐞)的(de )(🍽)米尔奇亚(🚲)冲突事件，在此次事(shì )件当中，米(🌸)尔奇亚行星的(de )人(rén )类疑似遭到了格诺西(🔪)斯(Gnosis)的(de )攻击，并(🎴)在冲突(tū )事件后消(xiāo )(❄)失，但事件的真相却因为米(🌲)尔奇(qí )亚(🚪)的(de )消失而不(👼)为人知。在(✒)事(💨)件后，启动(🍾)原(🕵)始索哈尔(🐇)（后来(lái )人类制造出了(🌒)十二具索哈尔模拟体，因(yīn )此原有(♟)的索哈尔(ěr )就被称之为原始索哈尔）所(suǒ )需的神之(🥈)语(🖥)言、原始(shǐ )索哈尔的(de )研究成(chéng )果(guǒ )、米尔奇亚的(de )U.M.N.座标(biāo )等事物，都(dōu )被(🏫)封存在Y资(zī )料当中，而Y资料(liào )又被封存在百式(🙇)观测(cè )用(yòng )(😫)合成(💓)人(rén )(🛒)(Relian)M.O.M.O.的意识内(nèi )，然而这么做却引起了各(🔦)方势(🚬)力对M.O.M.O.的争夺，因此星团(🐎)联(lián )邦(bāng )(🏥)政府(游戏中统治各行(háng )星的政府(🌻)，英(🎅)文(🚰)名Galaxy Federation)雇(🏺)了一(👌)个(gè )名叫Ziggurat 8的生(🏃)化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全(quán )。　　另(lìng )一方(fāng )面(🗒)，在米尔奇亚(🤼)冲突事件结束(shù )后(🦋)的(de )十几年，也就是(shì )大约在(zài )游戏EPI开始(shǐ )的(🚱)时候，当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰(rǎo )的名义，进行对格诺(nuò )西斯用战(zhàn )斗(dòu )兵器KOS-MOS的开发计划，但(🗼)和当时多(🤜)使用合(hé )成人(Relian)与生(shēng )化(huà )人(Cyborg)的(de )情况所不同的是，KOS-MOS是(shì )个纯粹的机械制品(🚲)。另一方(😣)面，在(zài )EPI开始(♑)时，参与KOS-MOS开发(fā )计划的贝克(🙊)达公司第一开(kāi )发局研究人员卯月(yuè )紫(zǐ )苑，正乘(🛹)着(📿)当时载有还(🈶)没正式启(🍵)动的KOS-MOS的Woglinde号太空船(chuán )进行旅途。但(♟)没想到其(qí )(🕙)太空船(chuán )却(🏺)被(📫)冲著索哈尔而来的格(🖐)诺(nuò )西斯所攻击(🦖)，而KOS-MOS也在此时突然(rán )启(✏)动，卯月紫苑(yuàn )因而被(bèi )卷(juàn )入一连(lián )串(chuàn )和格(gé )诺(㊙)西斯及索哈尔(🔐)有关(guān )的(de )阴(🎿)谋，以及会改变人类命(mìng )运的事件(🔣)当中……