自西元20XX年，人(rén )类(🥇)从肯亚图尔卡纳(nà )湖的湖畔(pàn )挖出(chū )(🛍)了一个(gè )名叫索(🎺)哈(hā )尔(Zohar)的物体之后，便开始对(duì )它(tā )进行研究，后来有人重建(🖲)出来所(suǒ )谓(wèi )(🔸)的“神之语(🛍)言(yán )”，并建立电脑程式以(yǐ )启动原始(shǐ )索哈尔，进(🥞)行和上(shàng )位(✖)领(lǐng )域的U-DO(上位(😱)领域当中的红(hóng )色(🌙)波动存在)连(lián )结的(🚨)连结实验，但(❔)很(hěn )不幸(🌑)地(🎛)，从上位领域流入下位领域(🏂)的能量(🤸)造成了事(shì )象(xiàng )变移，使(shǐ )地球(游戏中(🤷)所(suǒ )(👃)谓(wèi )的“失落耶(yē )(⛳)路撒冷”)几(jǐ )乎(hū )完从从(🐀)宇宙中“消失(🕯)”，人类因而(❕)被迫逃(💔)亡(🏉)，离开(kāi )地球。　　到了四千年(🐛)多(🌹)后(hòu )，在(👪)故事开(kāi )始前十(shí )五(wǔ )的(de )T.C.4753年(nián )，米(🈺)尔奇(qí )亚行(😙)星(xīng )(Miltia)爆发(fā )了所谓的米尔奇亚(yà )冲突事(shì )件，在此次事件当中，米尔奇亚行星的(🍁)人(rén )类疑(yí )(🕕)似遭到(dào )了(📤)格(🚻)诺西(xī )(🔪)斯(Gnosis)的攻击(jī )，并在冲(chōng )突事件(⛴)后消失，但事件的(👅)真相(xiàng )(🐈)却因(yīn )为米尔(💕)奇亚的消失而(ér )不为人知。在事件后，启动原(yuán )始索(suǒ )(🚓)哈(hā )尔(🐇)（后来人类(🍉)制造出了十二具(⛎)索(suǒ )哈尔模拟(nǐ )体(🏗)，因此(🔮)原有的(de )(🔝)索(🦐)哈尔就被(bèi )(♈)称之为原始索(🖥)哈(hā )尔(ěr )）所需的神(shén )之语(🖥)言、原始索哈尔的研究成(chéng )果(guǒ )、米(mǐ )尔(ěr )奇亚的(🧔)U.M.N.座标等(děng )事(shì )物，都被(🏫)封存在Y资(zī )料(➿)当中，而Y资料又被封存(cún )在百式观(😯)测用合成人(Relian)M.O.M.O.的(🔘)意识内，然而这么做却引起(qǐ )了各方势(🚬)力对M.O.M.O.的争夺，因此(🚄)星团联邦政(🤯)府(游戏中统(tǒng )治(zhì )各行(háng )星的政府(fǔ )，英文名Galaxy Federation)雇了一(👌)个名叫Ziggurat 8的生(🏃)化人(Cyborg)，以保(bǎo )护M.O.M.O.的安全。　　另一方(fāng )面，在米尔奇亚冲突事件结(jié )束(🚩)后的十几(jǐ )年(nián )，也就是大约(yuē )在游戏(🐺)EPI开(👮)始的时(🥐)候(🍶)，当时(🈶)最大(📊)的企业贝克(kè )达(dá )公司以对抗格(🔢)诺(📓)西斯侵扰(📏)的名义，进(jìn )行(háng )对格诺西斯用战斗(dòu )兵器KOS-MOS的(🧤)开(🔀)发计(🔹)划，但和当时(🕰)多使(shǐ )用合(hé )成(🙂)人(Relian)与(yǔ )生化人(Cyborg)的(de )情况所不(🗂)同的是(✡)，KOS-MOS是(🐻)个(gè )纯粹(🧜)的机械制品。另(📥)一方面，在EPI开(😛)始(shǐ )时(🔋)，参与(yǔ )KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开(kāi )发局(👺)研(yán )究(🕙)人员卯月紫苑，正(📼)乘(chéng )着当(dāng )时(shí )载有还没正(zhèng )式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅(👥)途。但没想到(🏹)其太空船却被冲著索哈尔(ěr )而来的格诺西斯所(suǒ )攻击(🦖)，而(ér )KOS-MOS也(🎶)在此时突(🏳)然启动，卯月紫苑(yuàn )因而被卷入一(♌)连串和格(🌳)诺(㊙)西(🤯)斯及索哈尔有关(guān )(⏺)的阴(🎿)谋，以及会改(🌓)变人(rén )(✖)类命运(yùn )的(🕝)事件当(dāng )中(🙂)……