自西元(yuán )20XX年，人(rén )类从肯亚图尔卡纳湖的(de )湖(😘)畔挖(wā )出了(le )一(yī )个名(🤴)叫索(suǒ )哈尔(Zohar)的物体(🗼)之后(🥩)，便(😧)开(kāi )(🎾)始对它(tā )进行(🎲)研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立电脑程式以启(qǐ )动原(🐖)始(🕌)索哈(hā )尔(ěr )，进行和上位领域的(de )(🚸)U-DO(上位领域当中(zhōng )的红(hóng )色波动存在)连结(jié )的连结实验，但很不幸地(dì )，从(㊗)上(🥎)位(wèi )领(lǐng )域流入下位领(🐑)域的(🙌)能量造(🌞)成了(㊙)事象(xiàng )(🙀)变移，使(shǐ )地球(游(⛏)戏中(🤷)所谓的“失落耶路(lù )撒冷”)几(jǐ )乎(🎋)完从从宇宙中(🧣)“消失(🕯)”，人类(lèi )因而被迫(pò )逃亡，离开地球。　　(🦇)到了四(➡)千年(nián )多后(hòu )(⛏)，在故(gù )事开始前(qián )十五(wǔ )(🚶)的T.C.4753年(nián )(🎥)，米(🈺)尔(ěr )奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的(de )米尔奇亚(🚲)冲突事件，在此次事件当(💣)中，米尔奇亚(yà )行(háng )星(🎐)的人类疑似遭到(🎦)了格诺西(🔪)斯(Gnosis)的(de )攻击，并(🎴)在冲突事(🍹)件后消失(shī )，但事(🧥)件的真(zhēn )相却因为米尔奇(🈂)亚(yà )的(🐌)消失而不为(wéi )人(🐅)知。在(✒)事件(jiàn )后，启(🛌)动(dòng )(🍾)原始索(🚓)哈尔（后(👆)来人(rén )类制(zhì )造出了十二具索哈尔(ěr )模拟体，因此原有的索哈尔(🍏)就被称之为原(🤠)始索(suǒ )(🖥)哈尔）所需的神之(zhī )语(🖥)言(📸)、原(🌽)始索(🏒)哈尔的研究(🔂)成果、(🏉)米(mǐ )尔奇亚的U.M.N.座标(biāo )等事(🔡)物(wù )，都(📛)被封(fēng )存(cún )在Y资(🍏)料当(🤙)中(zhōng )，而Y资料又被封(💽)存在(zài )百式(shì )观测(🆕)用合成人(Relian)M.O.M.O.的(de )意识(🚖)内(👉)，然而这(zhè )么做却引起(🛍)了各(gè )方势(shì )(🚬)力对M.O.M.O.的争夺，因此(cǐ )星团联邦政府(游戏中(zhōng )(📦)统(😋)治各行星的政府，英(🎅)文名(💻)Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生(shēng )(🏃)化人(Cyborg)，以(🕳)保护M.O.M.O.的(de )安全。　(😇)　(🧜)另一方(fāng )面，在米(mǐ )尔奇(qí )亚(🤼)冲(chōng )(💦)突事件(🥩)结(jié )束后的(de )十(📀)几年，也(🏄)就是大(🎄)约(🤥)在游戏EPI开(kāi )始(💽)的时(shí )候，当时最大的(de )企(qǐ )业贝克达公(😌)司(sī )以对(🖼)抗格诺西(xī )斯侵扰(rǎo )的名义，进(✉)行对(duì )格诺(nuò )西斯用战(zhàn )斗兵器KOS-MOS的开(🔀)发计(🔹)划，但和当时多(duō )(🤜)使用合成人(rén )(Relian)与生化(😾)人(📰)(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机(🚊)械制品。另(📥)一方面，在EPI开始时(🔋)，参与KOS-MOS开(🐢)发计划的贝克达公(gōng )司第一开发局(👺)研究(jiū )人员卯(🚃)月紫(zǐ )苑，正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船(👯)进行(háng )旅途。但没想到(dào )其太空船却被(bèi )冲著索哈尔而来的(😢)格诺西(xī )斯所攻击，而KOS-MOS也(yě )在此时突然启动(dòng )，卯月(🏆)紫苑(🌭)因而被卷入一连(✝)串(chuàn )和格诺西斯及(jí )索哈尔(🔐)有关(guān )的(de )阴谋(móu )，以及会改变人类命运(yùn )的事件当中……