自(🈯)西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(🎗)(Zohar)的(🔬)物体之后，便(biàn )开(🎾)始对它(👋)进行研究，后来(lái )有人重(🚤)建出来(lái )所谓(wèi )的(de )“神之语(🛍)言”，并建立电(diàn )脑程(🥄)式(shì )以启动原(yuán )始(🕌)索哈尔(ěr )，进行和上位领域的(🚸)U-DO(上位(wèi )领域当中(zhōng )的红色(sè )(🌙)波动存在)连(lián )结(jié )的连结实验(🖲)，但(dàn )(❔)很(hěn )不(bú )幸地，从上位领域(yù )流入下位领域的(🙌)能(néng )量造成(🙄)了(㊙)事象变(🙉)移，使地(dì )球(游(yóu )戏(xì )(🥫)中所谓(🧤)的“失落耶路(lù )撒冷”)几(🤳)乎完从(🕐)从宇(yǔ )宙(zhòu )中(🧣)“消失(🕯)”，人类因而被迫(💹)逃(táo )亡，离开地(🛎)球。　　到(dào )(😊)了四千年(nián )多后(⛏)，在故事开始前十(🌼)五(wǔ )(🚶)的T.C.4753年，米尔(ěr )奇亚(yà )行星(xīng )(Miltia)爆(bào )(👵)发(fā )了所(suǒ )谓的米尔奇亚(🚲)冲(📐)突事(shì )件，在(zài )此次事件当中，米尔(ěr )奇亚(yà )行星的人类疑似遭(👗)到了(le )(📤)格诺西(🔪)斯(sī )(Gnosis)的攻击，并(🎴)在冲突事件后消(xiāo )失，但(dàn )事件的真(🈳)相却因为(🔍)米尔奇(qí )亚(yà )的消(xiāo )失而不为人(rén )知。在事件(🈸)后，启动(🍾)原始(🎞)索哈尔（后来(lái )人类制造出了十二具索哈尔模拟体，因(😼)此原有的(de )索哈尔(🍏)就被称(⏭)之为原(yuán )始索哈(😂)尔）所需的神之语(🖥)言(yán )、(🌲)原始索(🏒)哈(hā )尔的研(yán )(🦄)究(🔂)成果、米尔奇亚(🚔)的U.M.N.座(zuò )标(⏩)等事物(🃏)，都(dōu )被封(fēng )存在Y资料当中，而Y资(zī )料又被封(💽)存(cún )在百(🔭)式观测用合成(💓)人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引(yǐn )起了各方势力(🐊)对(📻)M.O.M.O.的争(☔)夺(📧)，因(🚹)此星(xīng )团联邦政府(游戏(xì )中统治各行(🛺)星的(💼)政(🗄)府，英文名(míng )Galaxy Federation)雇了一个名(míng )叫(jiào )Ziggurat 8的生化人(rén )(Cyborg)，以(🕳)保护M.O.M.O.的安全。　　另一方面，在米尔(ěr )奇亚(yà )(🤼)冲突事件结(jié )束后的十(shí )几(jǐ )年，也就是大约在(📘)游(yóu )戏EPI开始的时候，当时最(📮)大(📊)的企业(🏜)贝克达(🈳)公司以对(duì )抗(kàng )格诺西(xī )斯(sī )侵(🥑)扰的名(🔵)义(yì )，进行对格诺(🥂)西斯(sī )(🦇)用战(🙈)斗兵器(🐆)KOS-MOS的开发计划，但(dàn )和当时多使用合成人(📌)(Relian)与生化(😾)人(📰)(Cyborg)的情况所不(bú )同的是(shì )，KOS-MOS是个纯粹(🧜)的机械制品(🚲)。另一方面，在EPI开始时(shí )，参(cān )(🥐)与KOS-MOS开发计(🛴)划(huá )(🚱)的(🧔)贝克(kè )达公(🏽)司第一开发(fā )局(jú )研究人员卯月(📘)紫(zǐ )苑，正乘着当(🛹)时载有还没正(🚲)式(shì )启动的KOS-MOS的(❤)Woglinde号太空船进行旅途。但(♟)没(✒)想到其太空船却被(📫)冲著索哈尔而来的格诺西斯所攻击，而(ér )KOS-MOS也在(zài )此(cǐ )时突(tū )然启动，卯月紫苑因而(📲)被(bèi )(🚽)卷入一连(✝)串和(hé )格诺西斯及索哈尔(🔐)有关(guān )的阴谋，以及会改变人类命运的(de )事件(🔣)当中……