自(🈯)西元20XX年，人类(🥇)从(📼)肯(kěn )亚(yà )(🏽)图(🐌)尔卡纳湖的(de )湖畔挖出了一个(gè )名叫索哈尔(Zohar)的(de )物(wù )体之后(hòu )(🥩)，便开始对它进(jìn )行研究，后(🏇)来(lái )有人重建(🖲)出来所谓的“神之语言”，并(👁)建立电(✳)脑程式以(yǐ )启动原(yuán )始索哈尔，进行和上位领域(😻)的U-DO(上(shàng )位领域当(🔊)中(zhōng )的(de )红色波(bō )动存在)连(🌚)结的(🚨)连结(jié )实验，但(dàn )(❔)很不(🦗)幸(xìng )地，从上(shàng )(🥎)位(wèi )领(💻)域流入下位领(🐑)域的(🙌)能量(liàng )造成了事象变移(yí )，使地球(游戏中(🤷)所(👃)谓(wèi )(🧤)的“失(shī )落(🕙)耶(⛳)路撒冷(👺)”)几乎完从从宇宙中(🧣)“消失(🕯)”，人(rén )类因而被迫逃亡，离开地球。　　到了四(➡)千(🏻)年(nián )多后，在故事开始前十五(🚶)的T.C.4753年，米尔奇(qí )亚(yà )行星(Miltia)爆(👵)发(fā )了所谓的米(🏃)尔奇亚(🚲)冲突事件，在(👄)此次事件当中，米尔奇亚行(🚽)星的(de )人(🔲)类(👛)疑似遭(👗)到了格诺西斯(sī )(Gnosis)的攻击，并(🎴)在冲突(🚩)事(shì )件(⛴)后消失，但(dàn )事件的(de )(👅)真相(xiàng )却因为米尔(💕)奇亚的消失(shī )而不为人知。在事件后，启动原始索哈(hā )尔（后来人类制造(zào )(🏆)出了十二(èr )具(jù )索哈尔模(mó )拟体(tǐ )，因此(cǐ )(🔮)原有(♟)的索哈尔(ěr )(🍏)就(jiù )被(♈)称(chēng )之为原始索(🖥)哈尔(ěr )）所(👧)需的(🕤)神之语言、原始(shǐ )索哈(hā )(🎇)尔的研究成果(🍂)、米尔(📳)奇亚的U.M.N.座标(biāo )等事(🔡)物，都被封(😛)存在Y资(zī )料当中，而Y资(zī )料(😕)又被封(💽)存在百式观测用合成(chéng )人(rén )(Relian)M.O.M.O.的意(🤬)识内，然而这么做却引起了(🐔)各(gè )(🔦)方势(shì )力对(duì )M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦政(🤯)府(游戏(xì )中统治各行星(👂)的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个(gè )(✒)名叫Ziggurat 8的(de )(🌵)生(shēng )化(huà )人(rén )(Cyborg)，以(yǐ )保护M.O.M.O.的安全(🔝)。　(😇)　(🧜)另一方面，在米尔奇亚冲(chōng )(💦)突事件结(🚌)束(🚩)后的十几年，也就(jiù )是(🚇)大约在游(⏭)戏(xì )(🐺)EPI开始的时候，当时(🈶)最大(📊)的(de )企业贝克达公司(sī )以对(🖼)抗(kàng )格诺西斯(sī )侵扰(rǎo )的名义，进行对(duì )格(gé )诺西(🔹)斯(🦇)用(yòng )战斗(dòu )兵器(qì )KOS-MOS的开发计划，但和当(🎴)时多使用合(🚝)成(chéng )人(📌)(Relian)与生化(huà )人(Cyborg)的情况(kuàng )所不(🗂)同的(de )(⚾)是，KOS-MOS是个纯(🔪)粹的机械制(zhì )品。另一方面，在EPI开始(♑)时，参(cān )与KOS-MOS开发计划(🚱)的(🧔)贝克(kè )达公司第一开发局研究(🕙)人员卯月(📘)紫苑，正(zhèng )乘着(📿)当时载(zǎi )有(yǒu )(🤱)还(🈶)没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号(👷)太空(🧛)船进行(háng )旅途。但没想到(dào )其太空船(chuán )却被冲(chōng )著索哈尔而来(lái )的格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在(zài )此时(shí )突然启动，卯月紫苑因而(ér )被卷(juàn )入(rù )(🤕)一(yī )连串和格诺西斯(sī )及(📈)索(suǒ )哈尔(ěr )有关的阴谋，以及会改变人类命运(yùn )的事件当中(🙂)……