自西元20XX年(⛲)，人(🐽)类从肯亚图(🐌)尔(ěr )卡纳湖的(de )湖畔挖出(chū )了一个名叫索哈(hā )尔(Zohar)的(de )物体之后(🥩)，便开始对它(tā )进行研究，后来(lái )有人重(chóng )建出(⚫)来所谓的“神之语言”，并建立电脑(🔲)程(🥄)式以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位(😱)领域当中(💞)的红色波动存(🚣)在(🔩))连结的(de )连结实验(yàn )(🖲)，但很(💱)不幸地，从上(shàng )位(wèi )领(lǐng )域流(🙂)入下位(wèi )领域(🏂)的(de )能(🤠)量造(zào )成(🙄)了事象变移，使地球(游戏中(zhōng )所(suǒ )谓的“失落(🕙)耶路撒冷(👺)”)几乎完从从(cóng )宇宙中“消(xiāo )失(shī )(🕯)”，人类因而被迫逃亡，离开地球(💍)。　　(🦇)到了四千(qiān )年(🐛)多后，在故事开始前(qián )十五的(💹)T.C.4753年(🎥)，米(🈺)尔奇亚(yà )行(😙)星(🤥)(Miltia)爆发了所(suǒ )谓的米尔奇亚冲(chōng )突事(🌂)件，在此次事件当中(zhōng )，米(mǐ )尔奇亚行星(🎐)的人类疑似遭到了格诺西(🔪)斯(Gnosis)的(📬)攻击，并在冲(chōng )(🚤)突事件后(hòu )(🏸)消失，但(⏺)事(🧥)件的真(🈳)相却因为(wéi )米尔奇亚的消失而(ér )不为人(rén )知。在事(💨)件后(🙅)，启动原(yuán )(🕵)始索哈尔（后来(🔍)人(🏗)类(🍉)制(zhì )造出了十(shí )(🎁)二(èr )具索(suǒ )哈尔模拟体，因此(cǐ )原有(♟)的索哈(hā )尔就被(♈)称之为原始(shǐ )索哈尔）所需的(🕤)神之语言(yán )、原始索哈尔的研究成(🔰)果(guǒ )(🍂)、(🏉)米尔奇亚(yà )的U.M.N.座标等事物，都(dōu )被封(😛)存在Y资(zī )料(liào )当中(💘)，而Y资料(liào )又被封(💽)存在(🌄)百式观测用合成(chéng )人(Relian)M.O.M.O.的意(🤬)识内，然(rán )而这么做却引起了各方(fāng )势力对M.O.M.O.的(de )争夺，因(🚹)此星团联邦(🏥)政府(游戏(🙎)中统(tǒng )治各行星(xīng )的(💼)政府，英文名Galaxy Federation)雇(🏺)了(😓)一个名(🔷)叫(jiào )Ziggurat 8的生化(huà )人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。　　(🧜)另(lìng )一(yī )方(🐩)面(miàn )(🗒)，在米尔奇亚(yà )冲突事件结(jié )(🚌)束后的(de )十几年(♈)，也就是大约在(zài )游戏EPI开始的时候，当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西(xī )斯侵扰(rǎo )的名义(yì )，进行对(🎑)格(gé )(📐)诺西斯(sī )用战(zhàn )斗兵(🏐)器KOS-MOS的开发计划(🔨)，但和(hé )当时多使用合(🚝)成人(📌)(Relian)与(yǔ )生化人(rén )(Cyborg)的情(qíng )况(kuàng )所不(bú )同的(de )是(✡)，KOS-MOS是个(🈷)纯粹的机械(🍺)制品。另(lìng )一方面，在EPI开始时(🔋)，参与KOS-MOS开发计(jì )划的贝克达(dá )公司第一开发(fā )局研究人(rén )员卯月紫(🕤)苑，正乘(chéng )着(zhe )当时载(🐕)有还(🈶)没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号(👷)太(🍶)空船进行(háng )旅(👥)途(tú )。但没想到(dào )其太空船(chuán )(😾)却(🏺)被冲著索哈尔(ěr )而(👫)来的格诺西(xī )斯(❎)所攻击，而KOS-MOS也(🎶)在此时突然启动(🖖)，卯月紫苑因而(ér )(📲)被(🚽)卷(juàn )(💝)入(🤕)一(yī )(♌)连(✝)串和格诺西斯及(jí )索哈尔有关(⏺)的阴谋，以及(📣)会改变(biàn )人类命运(🕕)的事件当中(zhōng )……(🥇)