自西(🕕)元(yuán )20XX年(nián )，人类从肯(kěn )亚图(🐌)尔(ěr )卡纳(nà )湖的(de )湖畔挖出了(le )(🔱)一个名(míng )(🤴)叫(jiào )索哈(hā )尔(Zohar)的(de )(🔬)物体之(zhī )后(🥩)，便开(🎾)始(📿)对它进行研(yán )究，后(hòu )来有人重建出(chū )来(🐿)所谓的“神之语言”，并(bìng )建(jiàn )立电脑程式以启(qǐ )动原(yuán )始(shǐ )索哈尔，进行和上(🍮)位(✖)领域的U-DO(上位领域当(🔊)中的红色波动存在)连(lián )结的(de )连结实验(🖲)，但很不幸地，从上位领域(🗞)流入下(🔝)位(✋)领(lǐng )域(yù )(🏂)的能(🤠)量造成了事象变(biàn )移，使地球(游戏中所(suǒ )谓(🧤)的“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙(zhòu )中“消(⚾)失”，人(🗳)类因而被迫(pò )逃亡，离(🍑)开地球。　(🐾)　到了(le )(🈸)四千(🏻)年多后(⛏)，在故(🥋)事(shì )开始前十(🌼)五的T.C.4753年，米尔奇(📧)亚行星(xīng )(Miltia)爆发了所谓的米(🏃)尔奇亚冲突(tū )事件，在此(cǐ )(🐖)次事件当中(🔥)，米(mǐ )尔奇亚行(háng )星的人类(👛)疑似遭(zāo )到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在(😉)冲(chōng )突(🚩)事件后消(❄)失，但事(shì )件的真相(🐈)却(què )因(🍯)为米(mǐ )尔奇亚的消失而不为人知(zhī )。在事件后，启(🛌)动原始索哈尔(ěr )（后来人类制造出了(🌒)十二具索哈(🍝)尔模(🍈)拟体(tǐ )，因此原有的索(suǒ )哈尔就被称(⏭)之(zhī )(🍗)为(wéi )原(yuán )(🤠)始索哈尔）(👡)所(👧)需的神(shén )之语言、原始索(🏒)哈尔的研究成(chéng )果(🍂)、米(mǐ )尔(📳)奇(🍐)亚的U.M.N.座标等事物，都被封存(cún )在Y资料当中，而(⛄)Y资料又被封(fēng )存在百式观(😯)测(cè )用(yòng )合成人(🛒)(Relian)M.O.M.O.的意识内，然(rán )而这么做却引起了各(🔦)方势力对M.O.M.O.的争(☔)夺，因此星团(tuán )(🐎)联邦(bāng )政(🤯)府(游戏中统治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫(jiào )Ziggurat 8的生(🏃)化人(Cyborg)，以保(💃)护M.O.M.O.的安全。　　另一方面，在(zài )米尔奇亚(🤼)冲突事件(jiàn )结(jié )束后的(😄)十几年(♈)，也就是大约在游戏EPI开(kāi )始的时候(🍶)，当时最(📮)大(dà )的企(qǐ )业(🏜)贝克达公(😌)司以(yǐ )(👻)对抗格诺西斯(sī )侵扰的(de )名(🔵)义，进行(🥤)对格诺西(xī )斯(🦇)用战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但(dàn )和当时多使用合(hé )成(🙂)人(Relian)与生(shēng )化(😾)人(Cyborg)的(🚁)情况所(suǒ )(🛹)不同的(de )(⚾)是(shì )，KOS-MOS是(shì )个纯粹(cuì )的机(🚊)械制品。另(📥)一(🈁)方面，在EPI开(kāi )始时，参与(yǔ )KOS-MOS开发(fā )计划(huá )的贝克达(dá )公司第一开发(🙃)局研究人员(🎯)卯月紫苑(😫)，正乘着当时载有还没正(zhèng )(🚲)式启(🍵)动(dòng )的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行(💍)旅途(🖱)。但没想到其(qí )(🕙)太空船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所(suǒ )攻击，而(🤛)KOS-MOS也在此(cǐ )时(🐉)突然启(qǐ )动，卯(mǎo )月紫(😐)苑(🌭)因而被(🚽)卷入一连串和格诺西(🤯)斯(🖇)及索(suǒ )哈(👲)尔(ěr )有(⛲)关的(de )(☔)阴(yīn )谋，以及会改变人类命(🍮)运(yùn )的(🕝)事件(jiàn )当中……