自西元20XX年，人类从(cóng )肯亚图尔(🍩)卡纳(🌰)湖的湖畔挖出了一(yī )个名(🤴)叫索哈尔(ěr )(Zohar)的(de )物体之后，便开始(📿)对它(tā )进(⏬)行研究(❣)，后(🏇)来(lái )(♑)有人重建出(⚫)来所(suǒ )谓的“神之(zhī )(🗄)语(🛍)言(yán )”，并建立电脑程式以启(qǐ )动原始索(suǒ )哈尔，进行和上位(wèi )领域的U-DO(上(shàng )位领域当中的红色(sè )波(bō )动存在(zài ))连结的连(🛑)结(⏯)实验，但很不幸地(dì )，从上(🥎)位领域流(liú )(🙂)入(📙)下位领域的能量造成了事象变(biàn )移，使地球(游戏中(🤷)所谓的“失落(luò )耶路撒冷”)几(🤳)乎(🎋)完(🥕)从从(🐀)宇宙(zhòu )中“消(⚾)失”，人类因(🈁)而被迫(💹)逃亡，离开地球(qiú )。　　到(😊)了四千年(🐛)多(duō )后(⛏)，在故事开(🃏)始前十五的T.C.4753年(🎥)，米尔奇亚行(😙)星(Miltia)爆(bào )发了所谓的米(🏃)尔奇(🏴)亚冲(📐)突事件，在此次事(shì )件当中，米尔奇亚行星的人(rén )类疑似遭到(dào )了格(gé )诺(🍺)西斯(Gnosis)的攻击，并在冲(🚤)突事(shì )件后消(❄)失，但事件的真相(🐈)却(🔬)因为米(mǐ )(🌲)尔奇亚的消(xiāo )(🐱)失而不(bú )为(😲)人(rén )知(⛅)。在(zài )事件后(hòu )，启(qǐ )动原始索哈尔(🐇)（后来(lái )人类制(zhì )造(zào )出了十二具索哈尔模(🍈)拟(nǐ )体(🏗)，因(yīn )此原(🈺)有的索哈尔(🍏)就被称之为原始索(🖥)哈尔）所需的神(⛱)之(zhī )语言(📸)、(🌲)原始索(🏒)哈尔的研究成果、米尔奇亚(🚔)的U.M.N.座标(⏩)等(děng )事物(wù )(🃏)，都(dōu )被封存在Y资料(➿)当中(zhōng )，而Y资(zī )料又被封存在百式(🙇)观(guān )测用(yòng )合成人(Relian)M.O.M.O.的(de )意识内，然而(🚞)这(zhè )么做却引起(qǐ )了各方势(🚬)力对M.O.M.O.的(de )争(zhēng )夺(duó )(📧)，因(yīn )(🚹)此(🚄)星团联邦政(zhèng )府(游戏中统治各行星的(de )政府，英文名Galaxy Federation)雇了(le )(😓)一个名(míng )叫Ziggurat 8的生化人(rén )(Cyborg)，以保护(🧗)M.O.M.O.的安全。　　(🧜)另(🥖)一方面(miàn )，在米尔奇(qí )亚(yà )冲突事件结束后(hòu )的十几(jǐ )(🐑)年，也就(jiù )是大约在(📘)游戏EPI开始的(de )时(🥐)候(🍶)，当时最大的企(🚔)业(yè )(🏜)贝克达(🈳)公(gōng )司以对抗格诺西(🧢)斯(🈴)侵扰的(de )名义，进行(🥤)对格诺西(🔹)斯(🦇)用战斗兵器KOS-MOS的开发(🥗)计划(huá )，但和当时多使用合成(🙂)人(Relian)与生(shēng )化人(Cyborg)的情况所不同(tóng )的是，KOS-MOS是个纯粹的(de )机械(xiè )制(🔰)品(pǐn )。另一方面，在EPI开始时，参(cān )与KOS-MOS开发计划的贝(👪)克达公(🏽)司第一开发局研究(🕙)人员卯(mǎo )月紫(🕤)苑，正乘(chéng )着当(dāng )时载有还没正(zhèng )式启动的KOS-MOS的(de )Woglinde号太空船进(📚)行(háng )旅(👥)途。但(♟)没想到其(qí )太空船却(🏺)被冲著索(✨)哈尔而来的格诺(nuò )西(xī )斯所(suǒ )攻击，而KOS-MOS也在此时突(tū )(🏳)然启动，卯月(yuè )(🏆)紫苑(yuàn )因而被卷入(rù )一(yī )(♌)连串(🍯)和格诺西斯及(jí )索哈(👲)尔有关的阴谋(📪)，以及会改变人(✖)类命运的(de )(🕝)事件当(🕥)中……