自西元20XX年，人类(🥇)从肯亚图(🐌)尔卡纳湖(hú )(🃏)的(de )(🕋)湖畔挖出了一个名叫索(🎺)哈(🔧)尔(Zohar)的(de )物体(🗼)之后(🥩)，便开(kāi )始对它进行(háng )研究(jiū )(❣)，后来有人(😎)重建出来所谓(🔸)的“神之(zhī )语言(yán )”，并建立(💆)电(diàn )脑程式以启动原始索(🛺)哈(📞)尔，进行和上(🍮)位(wèi )领(🙁)域(😻)的U-DO(上位领(lǐng )域当中的红(hóng )色波(bō )动存(cún )在)连(lián )结的连结实验，但(dàn )很不幸地，从上位领(lǐng )域(yù )流入(rù )下位领域的能量造成了事象变移，使(shǐ )地(dì )球(🈴)(游戏(xì )(🥫)中所(suǒ )谓的(🔔)“失(shī )落耶(⛳)路(😍)撒冷(👺)”)几乎(hū )完从从宇宙(🚴)中“消失”，人(🗳)类因而(ér )被迫逃(💔)亡，离(lí )开(👊)地球(💍)。　　到了(le )四千(qiān )(🏻)年多后，在(zài )故事开始前十五的(💹)T.C.4753年，米尔奇(qí )亚行星(Miltia)爆发了所(suǒ )谓的(🍽)米(mǐ )(🏃)尔奇(qí )亚冲突(🔎)事件(jiàn )，在此次事件当(dāng )中，米(🌸)尔奇亚行(🚽)星的(de )人类疑似遭(zāo )到了格诺西斯(sī )(🐂)(Gnosis)的攻击(jī )，并在冲突事件后消失，但事件的真(zhēn )相(xiàng )却因为米(mǐ )尔奇亚(🚪)的消失而不为人知(⛅)。在(zài )事(shì )件后(🙅)，启动原始(shǐ )索哈(hā )(📯)尔（后(hòu )来人类(lèi )制(🗒)造出了十二(èr )具索哈尔(ěr )模拟(nǐ )体，因此原有的(🔝)索哈尔(ěr )(🍏)就被称之为原始索哈尔）所需的神(⛱)之语言、原始索哈(🎇)尔(ěr )的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等(🤳)事(🔡)物，都被(bèi )封存在Y资料当(dāng )(🤙)中，而Y资(🤫)料又被封存在百式(shì )(🙇)观(guān )(😯)测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引起了各方(🔘)势力对(duì )M.O.M.O.的争夺，因(🚹)此星(xīng )团联邦政(🤯)府(游(⏫)戏中(📦)统(tǒng )治(zhì )各(⤴)行星(👂)的政(🗄)府，英文名Galaxy Federation)雇了(😓)一个(✒)名叫Ziggurat 8的生化人(😀)(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全(quán )。　(😇)　另一方面(miàn )，在(☕)米尔奇亚冲突事件结束后的十几年，也就是(shì )大约在游戏EPI开始的时(shí )候，当(dāng )时(shí )最大(dà )的企(🚔)业贝(🔅)克(kè )达公(gōng )司以对抗格(gé )诺西斯侵(🥑)扰的(de )名义，进(✉)行(🥤)对格诺(nuò )西(🔹)斯(sī )用(😞)战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和(hé )当(🎴)时多使(shǐ )用合(🚝)成人(Relian)与生(shēng )化人(Cyborg)的情况所不同(tóng )的是，KOS-MOS是个纯粹的机(jī )(🚊)械(xiè )制品。另一方(fāng )面(🤣)，在EPI开始(shǐ )时，参与(🏉)KOS-MOS开发(fā )计划的贝克达公司第一开发(🙃)局研(🔼)究人员卯月紫(zǐ )(🕤)苑(yuàn )，正乘(🛹)着当时载(🐕)有还(hái )没(méi )正(zhèng )式(⬇)启动的KOS-MOS的Woglinde号太(tài )空船进行(háng )旅(👥)途(🖱)。但(♟)没想到(🏹)其太(tài )(🛵)空(kōng )船却(🏺)被冲著索(✨)哈(😄)尔而来(💝)的(😢)格(🖐)诺西斯所攻击，而(🤛)KOS-MOS也在此(🔥)时(shí )突然启动，卯(mǎo )月紫苑因而被卷入(🤕)一连串和格诺(㊙)西斯及索(💳)哈尔有关(⏺)的阴谋，以及会改变人类(lèi )命运的事件当中……