自(zì )西(xī )元20XX年，人(🐽)类从肯(kěn )亚图尔卡纳(nà )(🌰)湖(hú )的湖(😘)畔挖出了一个名(🤴)叫索(suǒ )哈尔(Zohar)的(🔬)物体之后(hòu )，便开始(📿)对它(👋)进行研究，后来有人重建(jiàn )出来所谓的“神之语(yǔ )言”，并建(🙍)立电脑程(🥄)式以启动原始索哈尔(ěr )，进行和上位领(lǐng )域(yù )的(de )U-DO(上位领域当(🔊)中的(de )红(🚢)色波动存在(🔩))连结(📯)的(de )连结实(shí )验，但很(hěn )不幸(xìng )(🌑)地(dì )，从上位(wèi )(🥔)领域(yù )流入下(🔝)位领(🐑)域(🏂)的能量(🤸)造成了(le )事象(xiàng )变移(💪)，使(🎾)地球(游戏中所谓的“失落耶(yē )路撒(💠)冷”)几乎(hū )完从从宇宙中(🧣)“消(xiāo )失”，人类因(yīn )而被迫(pò )逃亡，离(lí )开地球。　　到了(🈸)四千(qiān )年多后(⛏)，在故事开(kāi )始(🌪)前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆(bào )发了(💸)所谓(wèi )的米尔奇亚冲突事件(🔙)，在此次事件(jiàn )(🔫)当(💣)中，米尔(ěr )奇亚行(🚽)星的(🍁)人(rén )类疑似(sì )遭到了(📤)格诺西斯(🐂)(Gnosis)的攻(gōng )击，并在冲突事件(jiàn )(⛴)后消失，但事件(🔮)的真相却因(yīn )为米尔奇亚的消失而不为人知(zhī )。在事件后(hòu )(🙅)，启(qǐ )动原始索哈尔（后(hòu )(👆)来人类制(zhì )造出了十(🎁)二具索(suǒ )哈尔(🐸)模(🍈)拟体，因(yīn )此(🔮)原有的索哈尔(ěr )(🍏)就被称之为原始索哈尔(ěr )(😙)）(👡)所需(xū )的(🕤)神之语言、(🌲)原(🌽)始(shǐ )索哈尔(ěr )的研究(jiū )(🔂)成果、米尔奇亚(🚔)的U.M.N.座标等事(🔡)物(wù )，都被(🏫)封存(cún )在Y资料当(dāng )中(zhōng )，而Y资料又(yòu )被封存(💍)在百式观测(🆕)用(yòng )(😫)合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而(🚞)这么做却引起了各方势(shì )力对M.O.M.O.的(💙)争夺(📧)，因此星(xīng )(🤩)团联邦(bāng )政府(游戏(🙎)中统(tǒng )治各行(🛺)星(👂)的(💼)政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个(gè )名叫Ziggurat 8的生化人(rén )(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的(📑)安全(quán )。　　另一方面(🗒)，在(☕)米(🕎)尔奇(🔷)亚(🤼)冲突事件结束(shù )后的十几年(♈)，也就是大约(yuē )(🤥)在(📘)游戏EPI开(kāi )(👮)始的时候(🍶)，当时最大的企业贝克达公司以(👻)对抗格诺西斯(sī )侵扰的名义(yì )，进行对格(gé )诺(🥂)西斯用(yòng )战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和当(dāng )时多使(shǐ )用合成(🙂)人(Relian)与生化人(📰)(Cyborg)的情况所不同的是(✡)，KOS-MOS是(shì )个纯粹的(🔢)机(jī )械制品。另一方面(🤣)，在EPI开始时(🔋)，参与KOS-MOS开发计划的贝(👪)克(🙊)达(📃)公司(sī )第一开发局研究人员卯月紫(🕤)苑，正乘(🛹)着当(dāng )时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太(🍶)空船(chuán )进行旅(lǚ )途。但(dàn )没(méi )想(xiǎng )到其太空船(😾)却被(📫)冲著索(✨)哈尔(ěr )而来(lái )的格诺西斯所(🐥)攻击，而KOS-MOS也(yě )在此(cǐ )时突然(rán )启动，卯(mǎo )月紫(😐)苑因而(ér )被卷入(🤕)一连串和格诺西斯(sī )及索(suǒ )哈(hā )尔有(yǒu )关的(de )阴谋，以(yǐ )(🕗)及会(huì )改变(biàn )(🌂)人类命运(yùn )的事件当(dāng )(🕥)中(🙂)……(🥇)