自西元20XX年(⛲)，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖(😘)畔挖出了一个名叫索(🎺)哈尔(ěr )(Zohar)的物体之(zhī )后，便开始对它进行研(🎏)究，后来(lái )(♑)有(yǒu )(📼)人(rén )重(chóng )建(jiàn )出来(lái )所谓(wèi )的“神之语(yǔ )言”，并(👁)建立(lì )(💆)电脑程式以启动原始索哈尔，进行(🗑)和(hé )上位(✖)领域的U-DO(上位(😱)领(🐖)域当中的红色波动存(🚣)在)连(🌚)结的连结实验，但很(hěn )(💱)不(🦗)幸(🌑)地，从上(🥎)位领(💻)域流入(rù )下(🔝)位领域的能量(liàng )造(🌞)成了事象变移，使地球(🈴)(游(yóu )戏(xì )中所谓的“失(shī )落(🕙)耶(yē )路撒冷”)几乎完从从宇宙(zhòu )中“消失”，人(🗳)类因(yīn )而(❕)被迫逃亡，离(🍑)开(👊)地球。　　(🦇)到(dào )了四千(🏻)年多后，在(👪)故事开(🃏)始前十五(🚶)的T.C.4753年(nián )，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所(suǒ )谓的米尔奇亚(🚲)冲突(🔎)事件，在此次事件当中，米尔奇亚行星的人类疑似遭(zāo )到(🎦)了(le )格诺西斯(Gnosis)的攻击，并(🎴)在冲突事件(⛴)后消失，但(⏺)事件的(de )真相却因为(wéi )米尔奇亚的(🐌)消失而(💛)不为人知。在(zài )事件(jiàn )后，启动原始索哈(📯)尔（后来人类制造(🏆)出了十二(èr )具索哈尔(🐸)模拟(nǐ )体，因(😼)此(🔮)原(yuán )有的(de )索(🦐)哈尔(ěr )就被称之为(wéi )原始索哈(hā )尔）所需的神之语言、原(🌽)始索哈尔的(de )研究(jiū )成果、米(mǐ )尔(ěr )(📳)奇亚的(de )U.M.N.座标等事物，都被封(😛)存(cún )在Y资(zī )料当(dāng )中(💘)，而Y资(zī )料又被(🍆)封存在百式观(guān )测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意(yì )识内(👉)，然而这么做(zuò )却引起(🛍)了(🐔)各方势(shì )(🚬)力对(duì )M.O.M.O.的(💙)争(☔)夺(📧)，因此星(🤩)团联邦政府(游戏中统治各(gè )行(🛺)星(👂)的政府，英文(wén )名Galaxy Federation)雇了(le )一(👌)个名(🔷)叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保(💃)护M.O.M.O.的安全。　　另一方面(miàn )，在米尔奇亚冲(chōng )(💦)突事件结束后的(de )十几年，也就(👚)是大约在游戏(🐺)EPI开(👮)始的时(shí )候，当时最(📮)大的(de )企业(yè )贝克达(🈳)公(😌)司以对抗格诺西斯(🈴)侵扰(📏)的(de )(🤥)名义，进(✉)行对格诺西斯(🦇)用战斗(dòu )(👵)兵器KOS-MOS的(de )开发计划，但(🗼)和(🀄)当(dāng )时多(🤜)使用(🍚)合成人(Relian)与生化人(rén )(Cyborg)的情况(kuàng )所不(bú )同(💴)的是，KOS-MOS是(🐻)个纯粹的机械制(zhì )品。另(lìng )一方面(miàn )，在EPI开始(shǐ )时，参与(🏉)KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究人员(🎯)卯(🚃)月(yuè )紫(🕤)苑，正乘着(📿)当(dāng )时载(zǎi )(🐕)有还没(méi )正(🚲)式启(qǐ )动的KOS-MOS的Woglinde号(hào )太(tài )空船(chuán )进行(háng )旅(lǚ )途。但没(méi )想(xiǎng )到其太(🛵)空船却被(📫)冲(chōng )著索哈(😄)尔(😙)而(ér )来(💝)的格(🖐)诺(nuò )西斯所攻击，而KOS-MOS也在此(cǐ )时突(tū )然启动，卯(mǎo )月(yuè )紫苑(yuàn )因而被卷(juàn )入一(♌)连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋，以及会改变人类命运(🕕)的事(🆔)件当(dāng )中……