自(🈯)西元20XX年，人类(🥇)从肯(📒)亚图尔(🍩)卡(kǎ )纳湖的湖畔(pàn )挖(🕸)出(chū )了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之(🐮)后，便开(🎾)始对它(tā )(👋)进(jìn )行(🎲)研(yán )究，后来有人重建(jiàn )出来所谓的“神之语言”，并建立电(diàn )脑程式以(🚉)启(qǐ )动(🚥)原(yuán )始索哈尔，进(jìn )行和上(🍮)位领(lǐng )域的U-DO(上(🤯)位领(🐖)域当(dāng )中的红色波(📎)动存在(zài ))连结的连结实验，但很不幸地，从(cóng )上(shàng )(🥎)位(🥔)领(lǐng )域(🗞)流入下位领域(🏂)的能量造成(chéng )了(le )事象(🙀)变移(yí )，使地(dì )(⏰)球(🈴)(游戏中所谓(🧤)的(de )“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙(🚴)中(🧣)“消失”，人类因而(ér )被迫(💹)逃亡(🏉)，离(🍑)开地(dì )(🛎)球(qiú )。　　到了四千年多(🌹)后，在故(gù )事(shì )开始(shǐ )(🌪)前十五的T.C.4753年，米(🈺)尔奇亚(yà )行星(🤥)(Miltia)爆发了所谓的米(mǐ )尔奇(qí )亚冲突(tū )事件(jiàn )，在(👄)此次事件(jiàn )当中(🔥)，米(mǐ )尔(📞)奇亚(🏓)行(🚽)星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在冲突事件后消(xiāo )失，但事(shì )件的真相却因为米尔奇(qí )亚(yà )(🚪)的消失而不(👼)为人知。在事件后，启动原始索哈(📯)尔(🐇)（(♊)后来(lái )人(🏗)类制(zhì )造出(🐣)了十(shí )(🎁)二具索(suǒ )哈尔(🐸)模拟体(tǐ )，因此原(🈺)有的索(🦐)哈(hā )尔就被(bèi )(♈)称之为(😄)原始(🐑)索哈尔）所(suǒ )需的神之语(yǔ )言、原始索哈(🎇)尔的(de )研究(jiū )成果、米尔奇(qí )亚(yà )的U.M.N.座标等事物(🃏)，都(📛)被封存在Y资(zī )料(liào )当中，而(ér )Y资料又被封(fēng )存在百(bǎi )(🔭)式观测用合成人(🛒)(Relian)M.O.M.O.的意识(🚖)内，然(♿)而这么做却(🎆)引起了(le )各(🔦)方势(🚬)力对(duì )M.O.M.O.的争夺，因此星(xīng )团(tuán )联(😍)邦政府(游戏(xì )(🙎)中统(😋)治(🎁)各行星的政府(fǔ )，英文名Galaxy Federation)雇了一个(gè )名(🔷)叫Ziggurat 8的生化(huà )人(rén )(Cyborg)，以(🕳)保护M.O.M.O.的安全。　　另(🥖)一方面(miàn )，在(zài )米尔奇亚冲突(tū )事(shì )件结束后的(😄)十几年(nián )，也就是(shì )大约在游(⏭)戏EPI开始的时候，当时最(zuì )大(dà )的企(🚔)业贝(bèi )克(kè )达公(gōng )司以对抗(💁)格诺(nuò )西(xī )(🧢)斯(sī )(🈴)侵扰的名(🔵)义(⭕)，进行对(duì )格(📐)诺西斯用战斗兵器(🐆)KOS-MOS的开发计(jì )划(huá )，但(🗼)和当时多使用合成人(Relian)与生(shēng )化人(rén )(Cyborg)的(🚁)情况所不(bú )同(tóng )的是(✡)，KOS-MOS是个(🈷)纯粹的机(jī )械制(zhì )(🔰)品。另一方面(miàn )，在EPI开(😛)始时，参(cān )与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发(🙃)局研究人(😯)员卯月紫苑，正(📼)乘(🛹)着当时(shí )载有还没正式启动(🚒)的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行(háng )旅途。但没想到其太(tài )空船却(què )被冲著索哈(😄)尔(ěr )而(ér )来的格诺(📎)西(🏗)斯(sī )所攻(👼)击，而KOS-MOS也在此时突(tū )然启动，卯月紫苑因而被卷入一连(lián )串和格诺西斯(🖇)及索哈(hā )尔(🔐)有关的阴谋，以(🕗)及会改变人类命运的事件(🔣)当(🕥)中……