自西元20XX年，人(🐽)类(🥇)从肯(kěn )亚图(tú )尔卡纳湖的湖畔挖(wā )(🕸)出(chū )了一个名(míng )叫索哈尔(Zohar)的物体(🗼)之(zhī )后，便开(🎾)始对(duì )它进行研究，后来有人重建出来所谓的(👑)“神之语言”，并(bìng )建(jiàn )立电脑程式以启动原(🐖)始(shǐ )(🕌)索哈尔，进(🥞)行(🗑)和上位领域的(🚸)U-DO(上位(wèi )领域当中的红色波动存在(🔩))连结的(🚨)连结实验，但很(💱)不幸地，从上(shàng )位(🥔)领(💻)域流入下(xià )位领域的能(🤠)量造成(🙄)了事(👓)象变移(💪)，使地(⏰)球(游(⛏)戏中(zhōng )所谓(wèi )的“失落(🕙)耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中(zhōng )“消失”，人类因而被(bèi )迫逃亡，离开地球。　　(🦇)到了四(➡)千(🏻)年多(duō )后(hòu )(⛏)，在故(gù )事开(🃏)始前十五的(💹)T.C.4753年，米尔奇(📧)亚行星(Miltia)爆发(♌)了所谓的米尔奇(qí )亚冲突事件，在此(cǐ )次事件(🔫)当中，米尔奇(qí )亚行星(🎐)的(de )人(rén )类疑似(😳)遭到了(le )格诺西斯(🐂)(Gnosis)的攻击，并在(😉)冲突事(shì )件后消失，但事件的(de )真相(🐈)却因(🍯)为(🔍)米尔(💕)奇亚的(🐌)消(xiāo )失而不(bú )为人知。在(✒)事件后，启动(🍾)原始索哈尔（后来人类制造(zào )出(🐣)了十二具索哈(hā )尔模拟(nǐ )体，因此原有(yǒu )的索哈尔(🍏)就被(bèi )称之为原始(shǐ )索(suǒ )哈尔(😙)）所需的(🕤)神之语(yǔ )言、原始索哈(hā )尔的研究成(🔰)果、米(mǐ )(🌸)尔奇亚(yà )的(de )U.M.N.座标(biāo )等事(shì )物，都被封存在(zài )Y资料当中(zhōng )，而Y资(zī )料(liào )又被(🍆)封存(💍)在百式观(guān )(😯)测用合(🕠)成人(Relian)M.O.M.O.的意(yì )识内(nèi )，然而(🚞)这(zhè )(🈲)么(me )做却(🎆)引起了各方势力(🐊)对M.O.M.O.的争夺，因(🚹)此星团联邦政府(游戏中(📦)统治各行星的(de )政府(🌻)，英(yīng )文名Galaxy Federation)雇了一(yī )个名叫(jiào )Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安(ān )全(🔝)。　　另一方面，在(zài )米(mǐ )尔奇亚(yà )冲突事件结(jié )束后(🦋)的十(shí )几(jǐ )年(♈)，也就是大(dà )约在游戏EPI开始的(de )时候(🍶)，当时(shí )最(zuì )大的企(🚔)业(yè )贝(bèi )克达公司以对抗格诺西斯侵扰的(de )名(míng )(🔵)义，进行对格诺西斯用战斗兵器(🐆)KOS-MOS的开发计划，但和当时(shí )多使用(🍚)合成(chéng )(🙂)人(Relian)与(📢)生化人(Cyborg)的(🚁)情况所不(bú )(🗂)同的(de )是，KOS-MOS是个(gè )纯粹的机(jī )械制品(🚲)。另一(yī )(🈁)方面(miàn )，在(zài )(📼)EPI开(kāi )始时，参与(yǔ )KOS-MOS开发计(jì )划的贝克达(📃)公司第一(yī )开(kāi )(〰)发(fā )局(👺)研究人员卯(🚃)月(yuè )紫(🕤)苑(😫)，正(📼)乘(🛹)着(📿)当时载(🐕)有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太(🍶)空船进行旅途。但没(✒)想(xiǎng )到其太(🛵)空船却被冲(chōng )著索哈尔而来(lái )的格诺西斯所攻击，而(🤛)KOS-MOS也(🎶)在此时突然启(✏)动，卯月紫(😐)苑因而被卷入一(♌)连串(🍯)和格(🌳)诺西(xī )斯及索哈尔(ěr )有关(guān )的阴(🎿)谋，以及会(♊)改变人类(🐬)命运的事(🆔)件(jiàn )当中……