自西元20XX年，人类从肯亚(yà )图尔(ěr )卡纳湖的湖畔挖(wā )出(🛍)了一(yī )个名叫索哈尔(Zohar)的(de )(🔬)物(wù )体(tǐ )之(zhī )后，便开始(shǐ )对它进行(háng )研究，后来(♑)有人重(🚤)建出来所谓的(👑)“神之(🗄)语言”，并建立电脑程式以启(🏐)动原始索哈尔(🎿)，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中(zhōng )的红(hóng )色(🌙)波动(🧚)存在)连(🌚)结(📯)的(de )连结(jié )实(shí )验(🖲)，但很不幸地，从上(shàng )位(🥔)领域流入下位领(🐑)域的(de )能量造成(🙄)了事象变移(💪)，使(🎾)地(dì )球(🈴)(游戏(xì )中(🤷)所(👃)谓(🧤)的“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中(zhōng )“消失(shī )”，人类(lèi )因而(❕)被(bèi )迫逃(táo )亡，离(lí )开地球。　　到了四千(🏻)年多(🌹)后，在故事(shì )(🤷)开始前(💅)十(shí )五的T.C.4753年，米(mǐ )尔(🤔)奇亚(🔍)行星(🤥)(Miltia)爆发了(💸)所谓的(de )米尔奇亚冲(chōng )(📐)突事件，在此次(🆙)事(🖍)件当(💣)中，米(🌸)尔奇(⏳)亚行星的(🍁)人类疑似遭到了格(gé )(🚻)诺(nuò )西斯(🐂)(Gnosis)的(de )攻击，并在(zài )冲突事(shì )件后消失，但(⏺)事件的真(🈳)相却(🔬)因为米尔(💕)奇亚的消失而不为人(rén )(🐅)知(⛅)。在(zài )事件(jiàn )后，启动(🍾)原始(🎞)索哈尔（后来(lái )人类制造出了十二(èr )具索(suǒ )哈(🍝)尔模拟体，因(yīn )(😼)此(cǐ )原有(yǒu )(♟)的(de )(🔝)索(🦐)哈尔就被称(⏭)之为原始(shǐ )(🐑)索哈尔）所(👧)需的神之语(yǔ )言、原始(👅)索哈尔(ěr )(🎆)的(de )研究成果(guǒ )、米尔奇亚的U.M.N.座标(biāo )等事物，都被(bèi )封存在Y资料当(🤙)中，而Y资料又被封存在百式观(guān )测用(yòng )合成人(Relian)M.O.M.O.的意识(🚖)内，然而这么(me )(😳)做却(què )引(yǐn )起了(🐔)各方势力对M.O.M.O.的争夺，因此(cǐ )星团联邦(🏥)政府(游戏(xì )(🙎)中统治各行星的政府(fǔ )，英文名(míng )Galaxy Federation)雇了一个名叫(🏰)Ziggurat 8的生(shēng )化人(😀)(Cyborg)，以(yǐ )保(bǎo )护M.O.M.O.的安全(quán )。　　另一方面，在米(🕎)尔(👑)奇亚冲(chōng )突(tū )事件结束后的十几年，也就是大约在游戏EPI开(👮)始的时候，当时最(📮)大(dà )的企(🚔)业(yè )贝克(kè )达公司以(👻)对抗(💁)格诺西斯侵扰的名义(yì )，进(✉)行(🥤)对格诺西斯用战斗兵(bīng )器KOS-MOS的开发计(🔹)划，但和当时多使用合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况(kuàng )所不同的(⚾)是(shì )，KOS-MOS是个纯粹的(de )机(🚊)械(🍺)制(🔰)品(pǐn )。另一方面，在EPI开始时(shí )，参与(🏉)KOS-MOS开发计(🛴)划(🚱)的贝克达(dá )公司第一(😿)开发局研究人(😯)员卯(🚃)月紫苑，正乘着(📿)当时载有还没(méi )(🧀)正(zhèng )式启动(dòng )(🚒)的KOS-MOS的Woglinde号(👷)太空船(👯)进行旅(lǚ )途。但没想到其(🕙)太(tài )空船却(🏺)被冲(chōng )著索(✨)哈尔而(ér )来(lái )的格诺(nuò )(📎)西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突然(rán )启动，卯月紫苑因(🍙)而(📲)被卷(juàn )入(rù )一连串(chuàn )和格诺西斯(sī )及(jí )索哈尔有(⛲)关(guān )的阴(yīn )谋，以及会改变人(rén )类命运的事件当中…(👃)…