自(🈯)西元20XX年(nián )，人类从肯亚图尔卡纳(nà )(🌰)湖的(🕋)湖畔(🕟)挖(🕸)出(chū )了(🔱)一个名叫(jiào )(🍥)索哈(hā )尔(ěr )(🎗)(Zohar)的(🔬)物体之后，便(biàn )开始对它进行研究(jiū )，后(🏇)来有人重建出来所谓的(👑)“神之语言”，并(bìng )建(jiàn )立电脑程式以启动(🚥)原始索(suǒ )哈尔(ěr )，进行(háng )和上位领(🙁)域的U-DO(上位领域(yù )当(dāng )中的红色波动存(cún )在)连结(📯)的连结(jié )实验，但很不幸地，从上位领(lǐng )(💻)域流入下位(✋)领域的能量(🤸)造成了事(shì )象(🙀)变(🙉)移，使(🎾)地球(qiú )(游戏(xì )中所谓的“失(shī )落(luò )(🕙)耶路撒冷(👺)”)几乎完(wán )从(🕐)从宇(yǔ )宙中“消失”，人类(lèi )因而被迫逃(💔)亡，离(lí )开地(🛎)球。　　到了四千(🏻)年多(🌹)后，在故事(shì )开始(shǐ )前十五的T.C.4753年，米尔(ěr )奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的(🍽)米(🏃)尔(ěr )(🔞)奇亚(yà )冲突(🔎)事(shì )件，在(👄)此次事件当中，米尔奇亚行星的(🍁)人类(👛)疑似遭(zāo )(👗)到(🎦)了格(gé )诺(nuò )西斯(Gnosis)的攻(gōng )击，并(bìng )在冲突(🚩)事(🍹)件后(🏸)消失，但事件(🔮)的真相(xiàng )却因为米尔奇亚(yà )的消失而(💛)不为人知。在事件(🈸)后，启动原始索哈尔（后来人类制造出了(🌒)十二(èr )具索(suǒ )哈(🍝)尔模拟体，因(yīn )此原(yuán )有(yǒu )的索哈尔就(jiù )被称之为原始索哈尔(😙)）(👡)所需的神之语言(yán )、原始索(suǒ )(🏒)哈尔的研(🦄)究成果、(🏉)米尔(ěr )奇亚的(de )U.M.N.座标等(🤳)事(🔡)物，都被封存在Y资(zī )料当(dāng )(🤙)中(💘)，而Y资料又被封(fēng )存在百式观测用(yòng )(😫)合(🕠)成人(Relian)M.O.M.O.的(de )意识(shí )内(nèi )(👉)，然而这么做却(què )引起了各(🔦)方(🔘)势力对M.O.M.O.的(💙)争(zhēng )(☔)夺，因(yīn )此星团(🐎)联邦政府(📒)(游戏中统治各行星的政(🗄)府，英文名Galaxy Federation)雇(🏺)了一个名叫Ziggurat 8的(🌵)生化人(Cyborg)，以保(💃)护M.O.M.O.的安全(quán )。　　另一(✝)方(🐩)面(miàn )，在米(mǐ )尔奇亚(🤼)冲突事件结束后的(de )十(shí )几年，也就(👚)是大约(yuē )在游戏EPI开(kāi )始的时候，当时最大(📊)的(📂)企(qǐ )业(🏜)贝克达公司(sī )以对抗格诺西斯侵(qīn )扰的(🤥)名义，进行(háng )对格诺(nuò )西(xī )斯用战斗(👵)兵器KOS-MOS的开(kāi )发计(jì )划，但和(🀄)当时多使用(🍚)合成人(📌)(Relian)与生化人(Cyborg)的情况(kuàng )所不(🗂)同(💴)的是，KOS-MOS是个纯粹(cuì )的机(🚊)械制品(🚲)。另一(yī )方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划(huá )的贝(👪)克(kè )达公(🏽)司第一(yī )开发局研(yán )究(🕙)人员(yuán )卯月(📘)紫苑，正乘(🛹)着(📿)当时(🥪)载有还没正式(shì )启(qǐ )动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进(📚)行旅途(🖱)。但没想到其太空(kōng )船却被冲著索(suǒ )(✨)哈尔而来的格诺西斯(sī )所攻击，而(ér )KOS-MOS也(yě )在此时(🐉)突然(🏾)启(qǐ )动(dòng )，卯月紫苑因而被卷入一连串(chuàn )和格诺西斯(🖇)及索哈尔有关的阴(yīn )谋，以及(📣)会改变人类命(🍮)运的(🕝)事件当(🕥)中……