自西(🕕)元(yuán )20XX年，人类从(cóng )肯亚图尔卡纳湖的湖畔(pàn )(🕟)挖出了一个名(míng )叫(jiào )索哈尔(Zohar)的物体之(🐮)后，便开始(shǐ )对它进行(háng )(🎲)研究，后来有(📼)人(rén )重建出来(lái )所(🕔)谓(wèi )的“神之语言”，并(bìng )建(🙍)立(lì )电脑程式以启动(dòng )原始索哈(hā )尔，进行和(hé )上位领域的U-DO(上位领域当中的(⏺)红色波动存在)连结的连结实(shí )验，但(❔)很不幸(🌑)地，从(cóng )上位领(💻)域流入下位领域的能(néng )量(liàng )(🤸)造成了事象(xiàng )变移，使地(dì )球(游戏中所谓的“失落(luò )耶路撒冷”)几乎(hū )完从从宇宙中“消失”，人(rén )类(🤘)因而(❕)被(bèi )迫逃(táo )亡，离开地(dì )球(qiú )(💍)。　　(🦇)到了四千年多后(⛏)，在故事开始前(💅)十(shí )五的T.C.4753年(nián )，米尔奇亚(🔍)行星(Miltia)爆发了所谓的米(mǐ )尔奇亚(yà )冲突(🔎)事件，在(zài )此次(cì )事件当中，米尔奇亚行(háng )星的(de )人(rén )类(lèi )疑(🕕)似遭(👗)到了格(gé )诺(nuò )西斯(Gnosis)的(📬)攻击(🕺)，并在冲突事件(jiàn )后(hòu )(🏸)消失，但事件的(de )真相却因为(🔍)米(🌲)尔奇(🈂)亚(yà )的消(🐱)失而(💛)不为人知(⛅)。在事件(🈸)后(🙅)，启动原(🕵)始索哈尔（(♊)后(hòu )来人类制造出了十二(🎆)具索哈尔模拟(🕌)体，因此原有的索哈(🏁)尔(ěr )就被(bèi )称(chēng )之为原始索哈尔）所(👧)需的(de )神之(zhī )语言、原始索哈(🎇)尔的研究成(chéng )果(guǒ )、米尔(ěr )奇亚的U.M.N.座标等事(shì )物，都被封存在Y资(🍏)料当(dāng )中(💘)，而Y资料又被封存在(🌄)百式(🙇)观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意(yì )识内，然而这么做却引起了各(🔦)方势力对M.O.M.O.的争夺，因此(🚄)星团联(😍)邦(bāng )(🏥)政(zhèng )(🤯)府(游(⏫)戏中统治各(⤴)行星的政(zhèng )(🗄)府，英文(🚰)名Galaxy Federation)雇(🏺)了一个名叫Ziggurat 8的生化人(😀)(Cyborg)，以保护(hù )M.O.M.O.的安全。　(😇)　(🧜)另一方(🐩)面，在米尔奇(🔷)亚冲突事件(🥩)结束后的(de )十几(🐑)年，也就是大约在游戏EPI开始的(de )时候，当(🚮)时(🈶)最(📮)大的企业贝(🔅)克达公司以对抗格诺(nuò )西(xī )斯(sī )侵扰的名义，进行对格诺(🥂)西斯用战斗兵(bīng )器KOS-MOS的开(kāi )发(🥗)计(🔹)划，但和当时多使用合成(chéng )人(Relian)与生化人(📰)(Cyborg)的情况所不同(tóng )(💴)的是，KOS-MOS是个纯粹(🧜)的机械制品。另(📥)一方(😣)面，在EPI开(😛)始时，参与KOS-MOS开(kāi )发计(jì )划的贝克达(📃)公司第(dì )一(😿)开(〰)发局研究人员卯(mǎo )月(📘)紫(zǐ )苑，正(zhèng )乘(chéng )着(zhe )当时载有(yǒu )还(🈶)没(méi )正(🚲)式(shì )启(🍵)动的KOS-MOS的Woglinde号(hào )(👷)太(🍶)空船(chuán )进行旅(👥)途(tú )。但(♟)没想(xiǎng )到其(🕙)太空船(chuán )(😾)却被(bèi )冲著(zhe )索哈(😄)尔(ěr )而来的格(🖐)诺西(xī )斯所(🐥)攻击，而KOS-MOS也(yě )(🎶)在(🥚)此(cǐ )时突然(rán )启(✏)动，卯月紫苑因(🍙)而被卷入一连串和格诺西斯及索哈(👲)尔有关的阴谋，以及(📣)会改变(biàn )人(✖)类命(🍮)运的事件(🔣)当(dāng )中……