自西元20XX年，人类从(cóng )肯亚图(🐌)尔(ěr )卡(kǎ )纳湖的湖畔挖出了一个名叫(jiào )索哈(hā )尔(ěr )(🎗)(Zohar)的物体之后，便开始对(🌫)它进行研究，后来(♑)有(📼)人重建出来所谓的“神之(zhī )(🗄)语言”，并(bìng )建(jiàn )立(💆)电脑(nǎo )程(chéng )式(shì )以(🚉)启动原始(🕌)索哈(📞)尔(ěr )，进行和(😚)上位(✖)领(lǐng )域的U-DO(上位领域当中的(de )(⏺)红色波动存在(🔩))连(🌚)结的连结实验，但很不(🦗)幸地(dì )，从上位领域(yù )流(🙂)入(📙)下(🔝)位(wèi )领域的能(néng )量造成了(le )(㊙)事象变移(💪)，使地(⏰)球(游(⛏)戏中所(👃)谓的“失落耶路撒冷(lěng )”)几(🤳)乎完(🥕)从从宇宙中“消失”，人类因(yīn )而(❕)被迫逃(💔)亡，离(lí )开地(🛎)球(qiú )。　(🐾)　到了四(➡)千年多(🌹)后(⛏)，在故(gù )事开始前十(shí )五(🚶)的T.C.4753年，米(🈺)尔奇(qí )亚(yà )行星(Miltia)爆(👵)发了所(🥅)谓(🐞)的米尔奇亚冲突事件，在(zài )此次事件当中，米尔奇亚(yà )行星的(🍁)人类(👛)疑似(sì )遭到(🎦)了(le )格诺西斯(🐂)(Gnosis)的攻(✖)击，并在冲突事件后消失，但事件的真(zhēn )相却(🔬)因为(🔍)米尔奇亚(yà )的消失(shī )而不为人(🐅)知。在(zài )事件后，启动原始索哈尔(ěr )（后来人类制造(zào )出了十二(èr )(🎆)具索(suǒ )哈(🍝)尔模拟体，因此(cǐ )原有(♟)的索哈(🏁)尔就被称之(🍗)为原始(🐑)索哈尔）所需的神之语言、(🌲)原始索哈尔的(🌶)研(yán )究成果、米(mǐ )尔奇亚的(de )U.M.N.座标等事(shì )物(wù )，都(dōu )(📛)被封(😛)存在Y资(🍏)料当(dāng )中，而Y资料又被封存在百式观测用(yòng )合成(💓)人(🛒)(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而(ér )(🚞)这么(me )做(zuò )(🥡)却引起(qǐ )了各方势力(lì )对(📻)M.O.M.O.的(💙)争夺，因(yīn )此星(xīng )(🤩)团联(lián )邦政府(游戏中统治各(gè )行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个(gè )(✒)名叫Ziggurat 8的(de )生化人(rén )(Cyborg)，以保护(🧗)M.O.M.O.的安全(quán )。　　另一方面，在米尔奇亚冲(💦)突事(shì )件结(jié )(🚌)束后的十几年，也就是大约在(zài )游戏EPI开(kāi )始(💽)的(🚱)时候，当时(🈶)最大的企(🚔)业贝克达公司以(yǐ )对抗格(gé )诺(nuò )西(xī )斯(sī )侵扰的名义(yì )，进行对格诺西斯用战斗兵(bīng )(🏐)器KOS-MOS的开(kāi )发(fā )计划，但和当时多使用(yòng )合成(chéng )人(Relian)与(yǔ )(📢)生化人(Cyborg)的情(qíng )况所(🛹)不同的是，KOS-MOS是个纯粹(🧜)的机械(xiè )制品。另一(yī )(🈁)方面，在EPI开(😛)始时(🔋)，参(cān )与KOS-MOS开发计划的贝(bèi )(👪)克达公司(sī )第一开发局研究人员卯月(📘)紫苑，正乘着(📿)当时载有还没正式(⬇)启动的KOS-MOS的Woglinde号(hào )太(tài )空船进行(háng )旅途(tú )。但(dàn )没想到(dào )(🏹)其太(🛵)空(📛)船却被冲(chōng )著索(✨)哈尔(😙)而来(💝)的(😢)格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突(tū )然启(qǐ )动，卯(🍉)月(🏆)紫苑因而(📲)被(bèi )卷入一(♌)连(lián )串和(hé )格诺西斯及索(suǒ )哈尔有关(⏺)的阴(🎿)谋，以及(jí )会改变人类(🐬)命(mìng )运的事(🆔)件(jiàn )当中…(👃)…