自西元20XX年，人类从肯亚图(🐌)尔(ěr )卡(🔼)纳(nà )湖的湖畔挖出了一个名(🤴)叫索哈尔(Zohar)的(de )物体之后(🥩)，便开始对它进行研究，后来有(yǒu )人(😎)重建出来所谓的“神之(zhī )语(🛍)言”，并建(jiàn )立(💆)电(✳)脑(🔲)程式以启动原始(shǐ )索哈尔(🎿)，进(jìn )行(háng )和(😚)上位领域的U-DO(上位领(lǐng )域(🤷)当(🔊)中的红(hóng )(🚢)色波(📎)动(dòng )存在)连结的(🚨)连结实验，但(dàn )很不幸(xìng )(🌑)地，从(㊗)上位(wèi )(🥔)领域流(liú )入下位领(🐑)域(🏂)的(de )(🙌)能量造成了事(👓)象变(biàn )移(💪)，使(🎾)地球(游(⛏)戏中所(suǒ )谓的“失(shī )落耶路撒(💠)冷”)几乎完从从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃(táo )(💔)亡，离(🍑)开地球。　　到了四(sì )千年多后，在故(gù )事开(kāi )始(shǐ )前十(🌼)五的T.C.4753年(nián )，米尔奇(📧)亚行星(Miltia)爆发了所谓的米(mǐ )尔(ěr )奇亚(yà )冲突事(🌂)件，在(👄)此次(cì )事件当中，米尔(ěr )奇(qí )亚行星的人类(lèi )疑似(😳)遭到了格诺(nuò )西斯(Gnosis)的攻击，并在冲(🚤)突事件后消失，但事(🧥)件(🔮)的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人(rén )(🐅)知(zhī )。在(✒)事件后，启动原(yuán )始索哈(hā )尔（后(hòu )来人类制造(🏆)出了十(shí )二具索哈(hā )尔模拟(nǐ )体，因(😼)此原有(yǒu )的(🔝)索哈尔(🍏)就被称之为原(yuán )始索哈尔）(👡)所需(xū )(🐼)的(🕤)神之语言、原始(👅)索哈尔的研究成果(🍂)、米尔奇亚的(🧔)U.M.N.座标(biāo )等事物，都(📛)被封(fēng )存(cún )(🏺)在(zài )Y资料当中，而Y资料又(yòu )被封存在百式观(guān )测用(😫)合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然(♿)而(ér )这(🈲)么做却引起了各方势力对M.O.M.O.的争夺，因此星团联(😍)邦(🏥)政府(fǔ )(游戏(xì )中统治各(⤴)行(háng )星的(💼)政(🗄)府，英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生(🏃)化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。　　另一方(fāng )面，在(☕)米尔(ěr )(👑)奇(🔷)亚冲(chōng )突(📜)事件结(jié )束后的十(📀)几(🐑)年，也就是(🚇)大约在(📘)游(yóu )戏(🐺)EPI开始的时(🥐)候，当时(shí )最(📮)大的企业贝克(kè )达公司(👄)以对抗格诺西斯(🈴)侵(qīn )扰的(de )名义(⭕)，进(✉)行(🥤)对格(gé )(📐)诺西斯用战斗(👵)兵(bīng )器KOS-MOS的开发计(🔹)划，但(🗼)和当时多使(shǐ )用合成人(rén )(Relian)与生化(huà )人(📰)(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯(chún )粹的机械制(🔰)品。另一(yī )方面，在EPI开始时，参(cān )与KOS-MOS开发计划(huá )的(🧔)贝(👪)克达(dá )公司第一开(〰)发局研究(jiū )人(😯)员卯月紫(zǐ )苑，正乘(chéng )着当时载有还没正式(shì )启(qǐ )动的(de )(🌨)KOS-MOS的(de )Woglinde号(👷)太空(🧛)船进行旅途(tú )。但没想到(dào )其(🕙)太空船却(què )被冲著(📈)索哈尔而来的(de )(😢)格诺(nuò )西(xī )斯所攻击，而(ér )KOS-MOS也在(zài )此时突然启动，卯月紫苑因(yīn )而被卷入一连串和(🔙)格(gé )诺西(🤯)斯及索哈尔有关的(de )阴(🎿)谋(móu )，以及(📣)会(huì )改变人类(🐬)命运的事件(🔣)当(🕥)中……