自西元20XX年，人类(🥇)从肯亚图尔(ěr )(🍩)卡(🔼)纳湖(🃏)的湖畔挖出(chū )了(🔱)一个名叫索哈(hā )尔(Zohar)的物体之后，便(😧)开始对(🌫)它进行(🎲)研(🎏)究，后来(lái )有(yǒu )(📼)人重(🚤)建出来所谓的“神之语言”，并建立(lì )电脑(nǎo )程(🥄)式以启(qǐ )动(🚥)原(yuán )始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位(😱)领域当中的红(🚢)色(🌙)波动(dòng )存在)连结的连结实验，但很不幸地，从上位领域(yù )流入下位领域的能量造成了(le )事象变移，使地球(游戏中(🤷)所(👃)谓的“失(🤲)落(🕙)耶路(😍)撒(sā )冷”)几乎(🎋)完从从(🐀)宇宙(zhòu )中(zhōng )“消失”，人类因而被迫(pò )逃亡，离开地球(💍)。　(🐾)　到(dào )了四(sì )千年多后(hòu )，在故事(🤷)开始前十(shí )五的T.C.4753年，米尔(ěr )(🤔)奇亚(🔍)行(háng )(😙)星(Miltia)爆发了(le )(💸)所谓(wèi )的米(🏃)尔奇(qí )亚冲突事件(🔙)，在此次(🆙)事件当中，米尔奇亚(yà )行星(🎐)的人类疑似遭到了格诺西斯(sī )(Gnosis)的攻击(jī )，并(bìng )在冲突事(🍹)件后消(❄)失，但(⏺)事(🧥)件的真相却因为米(mǐ )尔奇(🈂)亚的消失而不为人知。在事件后(hòu )，启动原(yuán )(🕵)始索哈尔（后来人类制造出(chū )了十二(èr )具索哈尔模拟体，因此原有的(🔝)索(suǒ )哈尔(🍏)就(😻)被称(chēng )(⏭)之(🍗)为原(yuán )始索哈尔）所需的神(shén )之语言、原始索哈(🎇)尔(ěr )的研究成果、(🏉)米(mǐ )(🌸)尔(ěr )(📳)奇(qí )(🍐)亚的U.M.N.座标等事物，都(dōu )被封存(cún )在Y资料当中，而(ér )Y资料(liào )又被封存在百式(🙇)观测用(yòng )(😫)合成人(Relian)M.O.M.O.的意(yì )识内，然而这(zhè )么(me )做却引(🖨)起了各方(fāng )(🔘)势力对M.O.M.O.的争夺，因(yīn )此星团(🐎)联邦政府(游戏中统治各行星的政府，英(🎅)文名Galaxy Federation)雇了一(yī )个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以(🕳)保护M.O.M.O.的安(ān )全。　　另一方(fāng )面(🗒)，在(☕)米尔奇亚冲突事(shì )件结(🚌)束后(🦋)的十(📀)几年(nián )(♈)，也就是(🚇)大约在(📘)游(yóu )戏EPI开始的(de )时候，当时最(📮)大(dà )的(de )(📂)企业贝(🔅)克(kè )达公司以(👻)对抗格(🔢)诺西斯侵扰的(🤥)名义，进(jìn )行对格(📐)诺(nuò )西斯用(yòng )战(🙈)斗兵(bīng )(🏐)器(qì )KOS-MOS的开(kāi )发计(jì )划(huá )，但和当时多(duō )使(shǐ )用合成人(Relian)与生(🐂)化人(Cyborg)的(de )情况所(suǒ )不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机(🚊)械制品(pǐn )。另一(🈁)方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划的贝克达公司(sī )第(dì )一(😿)开(〰)发局(👺)研究人员卯月(📘)紫苑，正乘着(📿)当时载有还没正式(shì )启动(🚒)的(de )KOS-MOS的(❤)Woglinde号太空(kōng )船(chuán )进(jìn )行旅途(🖱)。但(dàn )没想(xiǎng )到其(qí )太空(📛)船却被冲著(zhe )(📈)索哈尔而来(💝)的格诺西(🏗)斯所攻(gōng )击(🦖)，而(🤛)KOS-MOS也在(🥚)此时突(tū )然启(✏)动，卯月(🏆)紫苑因而被(bèi )卷入一连串(chuàn )和(hé )格(🌳)诺(㊙)西斯及(📈)索哈尔有关的(☔)阴谋，以及会改变(biàn )人类命运的事件(jiàn )当(🕥)中……