自西(xī )元20XX年，人类从(cóng )肯亚(yà )图尔(ěr )卡纳湖的湖畔挖(wā )(🕸)出了一个名叫索哈尔(Zohar)的(de )物体之后(🥩)，便(😧)开(🎾)始对它(tā )进行(🎲)研究，后来有人重建出来所(🕔)谓的“神(🤷)之语言”，并建立电脑程式以启动原始(shǐ )索哈尔(🎿)，进行和上位领域(😻)的(de )U-DO(上(shàng )位领域(🤷)当(dāng )(🔊)中的(de )红色(sè )波动存在(🔩))连结的(de )连结实验，但很不幸(xìng )地(dì )，从上位(wèi )领域流入(📙)下位领域的能量造成(chéng )了事象变移，使地(⏰)球(qiú )(游戏中所谓的“失(🤲)落耶路(😍)撒冷”)几乎完从从宇宙(🚴)中“消失”，人类因而被迫逃(táo )亡，离开(kāi )地球(qiú )。　(🐾)　到了四(sì )千(🏻)年多后，在故事开始(shǐ )前(qián )十五的T.C.4753年，米尔奇(qí )亚行星(Miltia)爆(bào )(👵)发(fā )(♌)了所谓的米尔奇亚冲突事件，在此次事件当中，米(🌸)尔奇亚行(háng )星的人类疑似遭(zāo )到(dào )了格(gé )诺(🍺)西(xī )斯(Gnosis)的攻击，并在(zài )冲(🚤)突(tū )事件后消失，但事件的真相却(🔬)因为米尔奇(qí )亚的消失(🖱)而(ér )不(👼)为人知。在(✒)事(💨)件后(hòu )，启动原始索哈(📯)尔（后来人(rén )类制造(🏆)出(chū )了(le )十(🎁)二具索哈尔(ěr )(🐸)模拟(nǐ )体(🏗)，因(yīn )此(cǐ )原有(♟)的索(suǒ )哈尔(🍏)就被称之(zhī )为原始索哈尔(😙)）所需的神之语言、原始索哈(🎇)尔的研究成果、米尔(ěr )奇(🍐)亚(yà )的(🧔)U.M.N.座标等事(🔡)物，都被封存在Y资(🍏)料(➿)当中，而Y资(zī )料又(🎛)被封(💽)存在百式观(guān )测用合成(💓)人(Relian)M.O.M.O.的意(yì )(🤬)识内，然(rán )而这么做(zuò )却(🎆)引起了各方势力(lì )对(📻)M.O.M.O.的争夺，因(🚹)此(cǐ )星(xīng )团联(lián )邦政府(游(yóu )戏中统(tǒng )治(zhì )各行星(👂)的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一(👌)个名(🔷)叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以(yǐ )保护M.O.M.O.的(📑)安(ān )全(quán )。　　另(lìng )一(✝)方面，在(☕)米尔(ěr )奇亚冲突事(shì )件(🥩)结束后的十几年，也就是(shì )大(🎄)约在(📘)游戏EPI开始的时(shí )候(hòu )(🍶)，当(🚮)时(shí )最大(dà )的企业贝(bèi )(🔅)克达(🈳)公司以(👻)对抗格诺(📓)西(🧢)斯(sī )侵扰的名义(⭕)，进行(háng )(🥤)对(duì )格诺西(🔹)斯用战斗兵(bīng )器KOS-MOS的开(🔀)发计(jì )划，但和当(🎴)时(shí )多使用合成人(Relian)与(yǔ )生化(😾)人(Cyborg)的情况(kuàng )所不同的(⚾)是(✡)，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另一方(fāng )(😣)面(🤣)，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划(huá )的贝克达公司(🔛)第一开发局(👺)研究人员(yuán )卯月(📘)紫苑(😫)，正(📼)乘(🛹)着当时载有(yǒu )(🤱)还没正式启动(dòng )(🚒)的KOS-MOS的(de )Woglinde号太空船进(jìn )行旅途。但没想(xiǎng )到其太空(kōng )船却(🏺)被冲著索哈(😄)尔而来的格诺西(xī )(🏗)斯所攻击(🦖)，而KOS-MOS也在此时突然启动(dòng )(🖖)，卯月紫苑因而被卷(💝)入一连(✝)串和(🔙)格诺西斯及(jí )(📈)索哈尔有关的阴谋，以(🕗)及(jí )(📣)会(♊)改变人类命(🍮)运的(🕝)事件(🔣)当(dāng )中……